蛋白分析FAQ汇总

• • 想验证未知互做,有pulldown试剂盒,做质谱需要什么要求以及参数之类的呢？

  在使用pull-down富集后进行质谱分析以验证未知蛋白互作时，需从样品准备、质谱采集参数到数据分析全流程考虑关键要点。以下是核心技术要求与建议参数，供参考：一、样品准备（Pull-down后）1. 蛋白含量要求（1）通常建议每个样本输入不少于10–20 µg蛋白（银染可见为下限），对于DD

• • 请问蛋白加了loading，煮了后-20°可以保存多久啊？

  蛋白样品加入loading buffer并煮沸变性后，一般建议短期保存于-20°C（不超过1个月），若需长期保存（超过1个月）建议转至-80°C。以下是关键考量因素：1、变性程度与稳定性：样品经过SDS和β-ME或DTT处理、煮沸变性，蛋白质已不再具天然构象，理论上不会再发生显著降解。但若反

• • 二级质谱可以检测出甲硫氨酸亚砜吗？

  二级质谱（MS/MS）可以检测并区分甲硫氨酸亚砜（methionine sulfoxide, MetSO），前提是配合适当的色谱系统和离子源设置。甲硫氨酸（Met）氧化为甲硫氨酸亚砜（MetSO）后，其分子量会增加+16 Da，这是二级质谱很容易识别的典型修饰。   一、技术原理 1. 一级

• • 如何知道从头测序适合测试出来的多肽来源呢？

  判断从头测序（de novo sequencing）得到的多肽（peptide）序列是否能准确追溯其来源蛋白，需要结合以下几个技术和逻辑层面的关键判断：一、核心问题拆解 从头测序本质上是根据MS/MS谱图推断肽段的氨基酸序列，不依赖数据库搜索。因此，无法直接知道多肽的来源蛋白，而是要通过比对

• • 组织样本液氮速冻之后，冻存管中是否无需加入任何液体？仅将组织单独放入冻存管中，然后依次置于液氮和 -80 ℃ 进行保存吗？

  针对组织样本的冻存保存，液氮速冻之后是否需加入液体，需根据后续用途和组织类型具体判断。以下为标准操作的技术要点分析：   一、组织液氮速冻后是否需加入液体？ 1、若用于 DNA/RNA 提取或蛋白组/代谢组分析： （1）无需加入任何液体。 （2）正确方法为：组织迅速放入冻存管，立即投入液氮速

• • 请问从组织中提取的蛋白，没加缓冲液就冻在-80℃了，需要时直接拿出来在室温化开后加缓冲液煮沸嘛？

  此操作存在较大风险，不建议直接使用。请参考以下分析：一、问题本质分析 1、未加缓冲液直接冷冻 缺乏蛋白稳定剂（如甘油、EDTA、蛋白酶抑制剂等）保护；冷冻过程中形成冰晶，极易造成细胞结构与蛋白结构的机械损伤；pH 未被控制，金属离子、内源酶等可能在冷冻前已经开始部分蛋白降解。2、室温化开后再

• • 冻蛋白之前还没有加loading buffer，要怎么处理呢？

  若样品在未加loading buffer的情况下已冷冻，后续处理需视冻存方式及样品状态而定。以下为推荐处理步骤：1、样品复融 将冻存的蛋白样品在冰上缓慢复融，避免高温或剧烈震荡，防止蛋白进一步变性或聚集。2、评估复融状态 观察是否出现明显沉淀或絮状物。如有沉淀，可轻微离心（如12,000 ×

• • 没有液氮心脏组织，离体后2分钟内就立马放入-80℃，还能做IncRNA测序吗？

  若心脏组织离体后2分钟内迅速冷冻于–80℃，在没有液氮速冻的情况下仍有可能进行lncRNA测序，但需注意以下几点：一、RNA降解风险分析 1、组织活性高：心脏组织富含核酸酶，代谢活跃，RNA尤其是长链非编码RNA（lncRNA）在离体后极易降解。2、2分钟延迟：虽然时间较短，但在室温暴露期间

• • 多肽二级质谱的谱图是如何处理的呢？

  多肽二级质谱（MS/MS）谱图的处理主要包括以下几个关键步骤，目的是从原始谱图中提取出可靠的肽段序列信息，用于蛋白质鉴定或定量分析：1、原始数据预处理（1）噪音去除：滤除低强度背景信号，通常设定信噪比阈值（如S/N > 3）。（2）去同位素峰：保留单一的母离子峰，去除同位素分布的冗余信息。（

• • 海带组蛋白糖组学分析的流程是什么？

  海带等海藻类样品中的组蛋白糖组学分析，属于典型的“非模式生物+富含多糖杂质”体系，其实验流程需兼顾组蛋白提取的特异性与糖基化修饰的富集灵敏度。下面简要概括标准流程：一、样品前处理与组蛋白提取 1、样品粉碎与细胞裂解（1）使用液氮研磨海带组织，尽量避免蛋白降解；（2）配合高盐缓冲液（如0.4–