多肽二级质谱的谱图是如何处理的呢？

多肽二级质谱（MS/MS）谱图的处理主要包括以下几个关键步骤，目的是从原始谱图中提取出可靠的肽段序列信息，用于蛋白质鉴定或定量分析：

 

1、原始数据预处理

（1）噪音去除：滤除低强度背景信号，通常设定信噪比阈值（如S/N > 3）。

（2）去同位素峰：保留单一的母离子峰，去除同位素分布的冗余信息。

（3）峰聚类/合并：消除同一离子重复出现的问题（如多次扫描）。

 

2、离子类型识别

（1）多肽碎裂后产生多种离子（b、y离子最常见），需区分不同离子类型。

（2）根据预设规则（肽段正向/反向碎裂、带电状态）预测理论碎片离子并与实际谱图匹配。

 

3、谱图匹配（数据库搜索）

（1）常见工具：Mascot、Sequest、MaxQuant（Andromeda）、pFind等。

（2）过程包括：

• 用母离子m/z初筛可能肽段；

• 计算理论碎片谱；

• 与实验谱图进行比对（打分机制，如Xcorr、Andromeda Score）；

• 确定最可能的肽段匹配。

 

4、结果过滤与置信评估

（1）应用FDR（False Discovery Rate）控制，常见设定为1%肽段水平FDR。

（2）可使用目标-诱饵数据库法（Target-Decoy Strategy）评估匹配可靠性。

 

5、可选后处理分析

（1）去除修饰干扰：若数据包含修饰（如磷酸化、乙酰化），需进一步进行修饰位点定位（如PTM score）。

（2）谱图可视化与人工校验：使用如Proteome Discoverer、PEAKS Studio等软件查看碎片离子覆盖情况与分布合理性。

 

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