蛋白分析FAQ汇总

• • 请问使用质谱数据进行蛋白定量分析的时候，需要用abundance还是abundance normalize呀？

  在使用质谱数据进行蛋白定量分析时，选择使用 abundance 还是 abundance normalize 取决于具体的实验目的和数据特性。以下是两者的关键区别和适用情况：

• • 请问胰蛋白酶一定要用质谱级的吗？

  是否需要使用质谱级胰蛋白酶，取决于实验的具体目标和精度要求。以下是对不同情况的分析：

• • 请问多肽质谱鉴定和多肽组学有什么区别呢？

  多肽质谱鉴定和多肽组学是密切相关但在概念、研究目标和应用范围上存在显著区别的两个领域。下面我将从定义、研究目标、技术方法、数据分析和应用场景五个方面来对比它们的不同之处。

• • 请问拥有四级结构的蛋白质，它的亚基之间会有共价键存在吗？

  拥有四级结构的蛋白质是由多个亚基（每个亚基通常为独立的多肽链）通过非共价相互作用和某些特定的共价键连接而形成的三维结构。这些亚基之间的相互作用可以分为以下两种情况：

• • 请问交联结束后的样品要怎么处理再去跑WB呢？

  在完成交联（crosslinking）后，如果你计划继续进行Western Blot (WB)实验，样品需要进行适当的处理，以确保交联物质不会干扰后续的蛋白质分析步骤。以下是一般的处理步骤：

• • 请问dss在ip中怎样运用？

  在免疫共沉淀 (Immunoprecipitation, IP) 实验中，DSS (辛二酸二琥珀酰亚胺酯, Disuccinimidyl Suberate) 是一种交联剂 (Cross-linker)，常用于稳定蛋白质-蛋白质相互作用，提高IP实验的效率和特异性。以下是DSS在IP实验中的应

• • 请问做体外泛素化实验可以用带sumo标签的载体纯化蛋白吗？

  可以使用带SUMO标签的载体纯化蛋白进行体外泛素化实验，但需要谨慎考虑SUMO标签可能对泛素化过程的影响，并在实验设计和数据解释时加以控制。

• • 目的蛋白是正常状况下是四聚体形式，这个方法处理WB能做出来吗？

  如果你的目标蛋白在正常情况下是四聚体形式，使用交联法处理样本后进行Western Blot（WB）分析是完全可行的，且实际上交联法能够帮助你检测和稳定四聚体等高阶结构。交联法在WB实验中用于固定蛋白质的多聚体或复合物结构，防止它们在样品制备过程中解聚，从而帮助你准确检测蛋白质的聚合状态。

• • 提取组织蛋白的时候为什么加入蛋白酶抑制剂防止蛋白变形，后面制样又要加入SDS分解蛋白?

  在蛋白提取和样品制备过程中，加入蛋白酶抑制剂和后续加入SDS（十二烷基硫酸钠）是为了实现不同的实验目标，这两个步骤的作用虽然看似矛盾，实际上各有明确的科学意义。

• • 请问考马斯亮蓝染色后的wb凝胶能做蛋白质谱吗？

  在进行Western blot (WB)实验后，使用考马斯亮蓝染色（Coomassie Brilliant Blue，CBB）进行蛋白质染色，理论上是可以进行蛋白质谱分析的，但有一些因素需要注意。