蛋白分析FAQ汇总

• • 提取野生型和突变体的核蛋白，结合质谱分析比较二者在转录因子组成上的差异，请问这一方案的可行性如何？

  该方案在理论上是可行的，但要获得具有生物学意义且可重复的差异性转录因子（TF）信息，实验设计和技术细节需要高度优化。以下是逐步分析：一、实验目的澄清 若目的是比较野生型与突变体细胞核中转录因子的组成差异，本质是进行核蛋白质组定量分析，侧重TF识别与差异表达分析。二、关键技术挑战与建议1、核蛋

• • 用于送检的细胞样品应处于何种状态？

  用于送检的细胞样品应处于状态明确、处理规范、与检测目的严格匹配的条件下。原则可归纳为以下几点：一、基本状态要求 1、细胞活性与完整性 贴壁或悬浮细胞均应形态正常、无明显凋亡/坏死；活细胞比例通常建议 ≥80%（若为活细胞相关检测）。2、无污染 严禁支原体、细菌、真菌污染；培养基澄清、无异味、

• • 蛋白质组学测序每一个生物学重复里边可以用两只小鼠吗？

  是否可以在一个生物学重复（biological replicate）中混合使用两只小鼠样本，取决于实验设计目的、下游分析需求以及资源限制。以下是对此问题的专业解析：一、原则判断 1、可行性（理论上可做）在某些情况下，将两只小鼠的组织或细胞混合为一个样本进行蛋白质组学分析是可接受的，尤其当：每

• • 如果样品加热时间过长导致蛋白质完全解聚，是否可能导致原本的多聚体解离成单体？

  是的，加热时间过长确实可能导致蛋白质多聚体解离为单体，具体机制如下：一、本质机制 1、热变性（thermal denaturation）多聚体蛋白的亚基通过非共价作用力（如氢键、疏水相互作用、静电作用）维持其构象。过度加热会破坏这些相互作用，使多聚体结构不稳定，导致解聚。2、SDS作用（若为

• • 蛋白交联实验是否可用于分析不同突变细胞系对目标蛋白自磷酸化二聚化状态的影响？

  蛋白交联实验（crosslinking assay）可以作为分析不同突变细胞系中目标蛋白自磷酸化相关二聚化状态的辅助手段，但是否适用，需根据目标蛋白特性、自磷酸化机制以及研究目的具体判断。以下为逐步分析：一、实验逻辑与可行性分析 1、蛋白自磷酸化与二聚化的关系 若目标蛋白的自磷酸化依赖于其二

• • 请问纯化后的蛋白浓度很低，该如何进行浓缩？由于量太少，跑电泳几乎看不到条带

  针对“纯化后蛋白浓度过低、上样跑胶几乎无条带”的问题，需综合考虑当前蛋白的体积、缓冲体系、稳定性及后续应用目标，选择适当的浓缩方式。以下建议：一、常规浓缩方法选择 1、超滤离心浓缩（Ultrafiltration）（1）适用范围：蛋白体积较大（>200 μL）、对剪切力不敏感。（2）推荐耗材

• • 请问组蛋白修饰测序需要多少样本呢？

  组蛋白修饰测序（Histone modification sequencing，主要指ChIP-seq）对样本量的要求取决于多个因素，包括所选修饰类型、抗体亲和力、细胞类型、实验平台（常规ChIP-seq vs. CUT&RUN 或 CUT&Tag）等。以下为不同方法的大致样本量要求，供参考

• • 一个样品管中可否混合装3个临床样本？若共提供3个样品管，是否等同于9个样本？

  是否可以将3个临床样本混合装入一个样品管，以及这样是否等同于9个样本，需根据具体实验目的及下游分析方法判断。以下是分情况说明：一、是否可以混合装样 取决于实验设计目的：若研究目标是“混合信号”或群体水平分析（如某些代谢组学、微生物组或表达谱中用于构建pool样本）：可以将多个样本按等体积或等

• • 海马类的原料有什么常见的方法可以提总蛋白吗？

  针对海马组织类样本提取总蛋白的需求，常用方法需兼顾组织中脂类、核酸丰富、蛋白分布复杂（细胞质/膜/胞器/细胞核）等特点。建议参考如下策略：一、总蛋白提取基本思路 目标为“总蛋白”时，通常不追求蛋白保持天然构象，可采用强裂解+变性条件以尽可能提取全部蛋白，包括膜蛋白、核蛋白等。二、推荐方法 1

• • 请问寡糖甲基化和多糖甲基化有什么区别呢?

  寡糖甲基化（oligosaccharide methylation）与多糖甲基化（polysaccharide methylation）在实验目的、底物结构复杂性、反应条件以及下游分析手段等方面存在关键差异。以下是核心区别的整理：一、底物结构差异 1、寡糖（Oligosaccharides）