蛋白分析FAQ汇总
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如果在研究中的DNA序列(string)中找不到某个特定的基因,但需要进行蛋白质相互作用(蛋白互作)分析时,可以采取以下几种策略来应对这种情况: 1.重新评估DNA序列: 首先确认DNA序列的准确性和完整性。有时候,可能由于序列错误或遗漏,导致无法识别特定的基因。使用不同的生物信息学工具
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百泰派克生物科技可以根据客户需求免费定制样品制备方法,满足多种不同的需求。我们对样品的处理包括: 组织、细胞均质化 样品净化(去除DNA和RNA,减少s-s键,蛋白质) 消除样品中高丰度蛋白质 蛋白质提取 蛋白质纯化 蛋白质浓缩 蛋白质水解消化 对于蛋白质水解,我们也可提供两种水解蛋
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在质谱分析中,尤其是蛋白质组学研究中,有多种软件和工具被广泛使用来处理和分析数据,包括肽链的识别、定量和拼接。这些软件利用复杂的算法分析质谱数据,以鉴定肽段和蛋白质,处理信号强度,以及进行其他相关的生物信息学分析。以下是一些常用的质谱软件: 1.MaxQuant: 是一款流行的用于蛋白质
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• 蛋白质的磷酸化和乙酰化这种性质在深度学习中应用广吗?做生物信息学关于蛋白质磷酸化、乙酰化性质的预测这个方向有意义吗?
蛋白质的磷酸化和乙酰化是两种重要的翻译后修饰,它们在调控蛋白质的功能和细胞信号传递过程中起着关键作用。蛋白质的磷酸化通常涉及到一个特定氨基酸残基(如丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸)的羟基与磷酸基团的加成反应,而乙酰化则涉及到蛋白质N端或者赖氨酸残基的氨基上添加乙酰基。这些化学修饰改变了蛋白质的电荷、
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• 做蛋白质组学能看出蛋白质巯基、羰基的变化吗(已经做了巯基、羰基的理化指标,怕后面做蛋白质组学跟这个理化指标的趋势对不上)?
是的,蛋白质组学可以用来观察和分析蛋白质巯基和羰基的变化。通过使用特定的质谱技术和生物标记,蛋白质组学可以准确识别和定量蛋白质中的巯基和羰基修饰。 巯基变化:蛋白质的巯基主要来自于半胱氨酸残基的硫醇(-SH)基团,它们在蛋白质的折叠、稳定性以及活性中扮演着重要角色。巯基状态的变化,
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• 一条肽链被打成几个片段,能否拼接起来,那拼接后的intensity是全部相加吗(因为有些是重复的)?
在质谱分析中,特别是在蛋白质组学的背景下,通过使用质谱仪得到的肽链碎片确实可以拼接起来。这是通过对质谱数据进行生物信息学分析来实现的,其中算法会根据碎片的质量/电荷比值(m/z)对它们进行排序和匹配,以重建原始的肽链序列。 关于拼接后碎片的强度(intensity)问题,一般来说,各个
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• 怎么分析这些上调下调蛋白质的结果和筛选出来的miRNA位点的信息通路的关系
分析上调和下调蛋白质的结果与筛选出来的miRNA位点的信息通路关系通常涉及几个步骤: 1.整合数据和初步筛选 首先,整合蛋白质表达数据和miRNA靶点预测数据。使用蛋白质组学数据识别表达显著上调或下调的蛋白质,同时,使用bioinformatics工具或数据库(如TargetScan,
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是的,蛋白质和酶反应之后可以测量圆二色谱(Circular Dichroism, CD)以分析其结构变化。圆二色谱是一种广泛应用于研究蛋白质二级结构和构象变化的技术。通过测量不同波长下蛋白质吸收左旋和右旋圆偏振光的差异,CD光谱能提供关于蛋白质α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规卷曲等二级结构
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检测一种蛋白是否具有SUMO蛋白酶功能,通常可以通过以下步骤进行: 1.体外SUMO蛋白酶活性测定: 使用重组SUMO化底物蛋白,将疑似具有SUMO蛋白酶活性的蛋白与之共孵育。通过Western blot分析,观察底物蛋白SUMO化状态的变化,若SUMO化水平下降,表明该蛋白具有SUMO
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• pull down实验中与磁珠孵育的正常组也有条带(和实验组表达的一样多)应该怎么办?
在Pull-down实验中,如果正常组(对照组)与磁珠孵育后也出现了与实验组一样多的条带,这通常表明有非特异性结合或背景干扰。应对策略包括:
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