蛋白分析FAQ汇总

血清离心是否必须在 4 °C 取决于样本处理阶段、下游应用及对代谢/蛋白稳定性的要求，并非所有情况下都必须低温。关键判断：1、血液凝固后分离血清（常规生化检测）一般室温离心即可（约 20–25 °C），离心时间短（约10 min，1000–3000 g）。样本尽快分离血清，避免细胞持续代谢对

植物蛋白质组学样品的最终溶解液需根据下游分析平台（质谱型 LC-MS/MS 或 2D-PAGE）及处理步骤决定，一般遵循以下原则：一、质谱分析（LC-MS/MS）常用溶液 1、目标是兼顾蛋白完全溶解、可酶解（胰蛋白酶）、且对质谱兼容。2、常用缓冲液：50 mM NH₄HCO₃（碳酸氢铵）或

在乙酰化定量蛋白组学研究中，是否在酶切后混合样品进行质谱分析，取决于所采用的定量策略，以下是不同策略下的处理方式说明：一、标记法定量（如 TMT、iTRAQ）这种情况下，建议在酶切并进行乙酰化肽段富集后，再混合样品：标准流程如下：1、各组样本分别蛋白抽提 → 还原烷基化 → 酶切（一般为Tr

这种情况下实验结果可能存在较大不确定性，需具体分析如下：一、操作偏差说明标准Co-IP流程中，抗体应先与样本孵育形成免疫复合物，之后再加入预洗过的Protein A/G磁珠以结合抗体，减少非特异吸附。您描述的操作中，抗体和磁珠同时加入样本孵育过夜，会导致以下问题：1、抗体优先被磁珠捕获若

蛋白提取后在室温放置六小时，不推荐继续使用。1、蛋白稳定性（1）如果提取的是总蛋白且主要用于SDS-PAGE、Western blot等耐变性分析，影响可能相对较小，尤其在样品中已有PMSF等蛋白酶抑制剂，且没有明显变色或沉淀；（2）若样品用于酶活性测定、pull-down、质谱等对蛋白天然

SMART（Simple Modular Architecture Research Tool）数据库用于识别蛋白质序列中的结构域（domain）和功能模块，其在线提交工具对输入序列格式有如下要求与注意事项：一、格式要求 1、输入格式必须为FASTA格式 2、支持的序列类型为蛋白质序列（非核

将蛋白裂解液放在冰上 48 小时可能会有以下几种情况，具体取决于裂解液的组成。一、稳定性较好的情况（多数商业或新鲜配置的裂解液）如果含有缓冲液（如Tris-HCl）、去污剂（如NP-40、Triton X-100）、盐（如NaCl）等基础组分：在冰上放置 48 小时通常无明显变化

针对测定抗原样品的等电点（pI）或其在pH 7.4条件下的带电性，同时要避免运输过程中样品失活的问题，建议如下处理策略：一、关于抗原样品在运输过程中的稳定性 1、温度控制：大多数蛋白类抗原在常温下易变性或降解，建议全程干冰运输（–78.5°C）或液氮保存（如为极不稳定的抗原），以确保其天然构

若采用非完整糖肽解析策略，仅通过糖链释放与肽段分析结合的方法鉴定藻类样品中的糖肽结构，实验流程需系统设计以实现对糖链、肽链和糖基化位点的独立解析。具体样品处理建议如下：一、样品总提取藻类样品细胞壁坚硬，需优化前处理步骤以充分提取糖蛋白：1、细胞破碎：推荐采用液氮研磨结合超声波或高压匀浆；2

在免疫沉淀（IP）实验后进行质谱鉴定时，使用筛选标准“肽段数 > 2”导致仅剩3个特异性蛋白，显著降低了结果数量与下游分析空间。需具体判断标准是否过严，或实验本身背景是否较高、富集效率有限。请按以下思路分析与调整：一、核查实验本身与上机数据质量1、是否设置Input对照？（1）若无Input

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