乙酰化定量蛋白组研究中，请问是不同酶切肽段后混合打质谱吗?

在乙酰化定量蛋白组学研究中，是否在酶切后混合样品进行质谱分析，取决于所采用的定量策略，以下是不同策略下的处理方式说明：

 

一、标记法定量（如 TMT、iTRAQ）

这种情况下，建议在酶切并进行乙酰化肽段富集后，再混合样品：

标准流程如下：

1、各组样本分别蛋白抽提 → 还原烷基化 → 酶切（一般为Trypsin ± Lys-C）

2、各自进行TMT/iTRAQ等同位素标记反应

3、标记完成后将各组样本混合

4、混合样品再进行乙酰化肽段富集（如使用抗乙酰化抗体）

5、富集产物上机LC-MS/MS分析

 

注意：

• 不能在酶切前混合样本，否则无法实现分组定量；

• 也不建议在富集前混合未标记的样本，会丢失定量信息。

 

二、标记前富集（Label-Free）

若采用Label-Free定量方法（非标记），则各组样本全流程均需独立操作，包括：独立酶切 → 独立富集乙酰化肽段 → 分别上机 → 后续数据比对实现定量

 

三、多酶切策略（如 Trypsin+Glu-C）是否需混合？

如果问题涉及不同酶切方式对比或提高覆盖率：

1、可采用 并行酶切（Trypsin 与 Glu-C 分别酶切），然后各自富集，再分别上机或混合后上机。

2、是否混合，取决于实验设计目的：

• 为提高覆盖率，可在富集后混合上机；

• 若需比较不同酶切效率或乙酰化位点差异，则需分别上机。

 

百泰派克生物科技——生物制品表征，多组学生物质谱检测优质服务商

 

相关服务：

乙酰化定量蛋白组研究