如何知道从头测序适合测试出来的多肽来源呢？

判断从头测序（de novo sequencing）得到的多肽（peptide）序列是否能准确追溯其来源蛋白，需要结合以下几个技术和逻辑层面的关键判断：

 

一、核心问题拆解

从头测序本质上是根据MS/MS谱图推断肽段的氨基酸序列，不依赖数据库搜索。因此，无法直接知道多肽的来源蛋白，而是要通过比对、匹配、同源性分析等手段间接推断来源。以下是主要判断途径：

 

二、判断来源的主要方法

1、将de novo序列与数据库蛋白质序列比对

（1）使用工具如 BLASTp、MS-BLAST，或某些商业软件的内置功能（如 PEAKS DB、Novor + MSFragger）。

（2）比对时允许一定程度的模糊匹配（例如部分序列匹配、错配1-2个氨基酸），判断是否能对应到已知蛋白。

（3）若匹配成功，可推断该肽段可能来源于该蛋白，尤其是在多个de novo肽段集中指向同一个蛋白时可信度更高。

 

2、多肽覆盖度整合分析

（1）若多个从头测序的多肽共同覆盖某个蛋白不同区域，可增强对该蛋白的来源推断。

（2）常用于复杂样本中，如微生物混合群体、未注释物种或突变蛋白分析。

 

3、同位素标记或定量数据辅助来源分析

若实验中加入了标记策略（如SILAC、TMT），可结合定量差异推断多肽是否来源于特定样品、组织或处理条件下特有蛋白。

 

4、结合转录组或全基因组信息

对于非模式物种，可将从头测序的多肽与转录组翻译框架（ORF）或基因预测结果比对，建立多肽到蛋白再到基因的映射关系。

 

三、判断准确性的影响因素

 



 

四、实验建议

1、“使用高质量的MS数据”以提升de novo准确性。

2、推荐使用PEAKS Studio等支持de novo + database比对的软件，系统性整合分析。

3、若为未知物种或特殊样本，可同时进行转录组测序建库，与de novo结果互补。

 

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