代谢组学FAQ汇总

  • • 血清还是血浆做代谢组学好

    血浆和血清都是都是代谢组学分析中常用的样本,它们各自具有独特的优势和应用场景,具体选用哪种还需要根据您的研究需求和目的,下面是一些它们各自的适用场景可供您参考:血浆适用场景(1)动态过程的研究:血浆是在血液中加入抗凝剂后离心得到的上清液,包含了血液中几乎全部的代谢物,包括那些与凝血过程相关的

  • • 为啥心脏组织跑代谢组峰很少?以及组织和血清样本的前处理

    心脏组织在进行代谢组分析时峰值数量较少的原因可能有多个,包括样本的本质特性、前处理的方法以及分析技术的局限性等。以下是一些可能的解释和对策:   一、原因分析 1.代谢活性和复杂性: 心脏组织主要参与能量代谢,如脂肪酸和糖的氧化,可能会导致检测到的代谢物种类相对单一。   2.样本处理过程中

  • • 靶向检测粪便中短链脂肪酸的方法

    靶向检测粪便中短链脂肪酸(SCFAs)的方法通常涉及气相色谱(GC)技术,这是因为气相色谱特别适合于挥发性有机化合物的分析,而短链脂肪酸正是这类化合物。以下是具体步骤和注意事项:   1. 样品收集与准备 样品收集:粪便样本应在收集后尽快处理或冷冻保存,避免微生物活动改变短链脂肪酸的含量。样

  • • 脂质代谢组学研究(Lipidomics)中,怎么提取脂质以及分离外泌体

    在脂质代谢组学研究中,提取脂质和分离外泌体是两个关键步骤,下面为您提供了这两个步骤的一些常用技术方法,希望对您有所帮助。一、提取脂质 常用方法有Folch和Bligh-Dyer两种 1.Folch方法:(1)将样本与氯仿和甲醇的混合溶剂(比例为2:1,v/v)充分混合。(2)添加适量的盐水,

  • • 数据库查不到差异物质的功能

    建议采取以下几个步骤进一步探索:1.扩大代谢物数据库搜索范围:尝试使用更多的数据库进行查询,特别是那些专注于特定生物种类或具有特定代谢途径数据的数据库。例如,使用专门的植物代谢数据库(如PlantCyc)或微生物代谢数据库(如MicroCyc)可能会找到更多信息。2.跨数据库:代谢物的功能往

  • • 筛选出来的差异代谢物质的作用应该去哪里查到比较可靠的结果

    筛选出的差异代谢物质的作用和信息可以通过以下几个途径来查找和验证,以确保结果的可靠性:   1.科学文献数据库: 如PubMed, ScienceDirect, Springer等。这些数据库收录了大量的科学研究论文,是获取最新科学发现和深入理解代谢物质作用的重要来源。   2. 化学物质和

  • • 用simca怎么做plsda有方法吗

    在使用SIMCA软件进行偏最小二乘判别分析()时,你可以按照以下步骤操作:   1.数据准备: 确保你的数据已经正确格式化和预处理。在SIMCA中进行PLS-DA分析前,通常需要准备好两个主要的数据矩阵:一个包含了预测变量(如光谱数据、化学测量等),另一个包含了响应变量(即分类变量,例如不同

  • • 碱溶液提取多糖用的是什么碱溶液?多少浓度

    多糖的碱溶液提取通常使用氢氧化钠(NaOH)或氢氧化钾(KOH)作为碱溶液。这些碱性溶液能够破坏多糖与其他生物分子间的相互作用,如蛋白质和多糖之间的结合,从而使多糖释放到溶液中。   使用的碱溶液和浓度: 氢氧化钠(NaOH)溶液:浓度范围通常在1%到4%之间,具体浓度取决于原料的性质和所

  • • 治疗组和正常组火山图中只有显著下调的代谢物,无显著上调的;但正常组与模型组、模型组与治疗组间都有上调和下调代谢物。这种情况合理吗

    这种情况是可能合理的,并不一定意味着数据分析存在问题。火山图是用来显示生物学实验中两组数据差异显著性和变化倍数的一种图形,通常用于基因表达数据或代谢组学数据的分析。在你的情况中,代谢组学分析显示治疗组和正常组间只有显著下调的代谢物,没有显著上调的代谢物,这可能意味着:   1.治疗效果 治疗

  • • opls-da置换检验图怎样才不算过拟合

    在使用OPLS-DA(正交偏最小二乘判别分析)模型进行置换检验(Permutation Test)时,为了避免过拟合,关键指标是模型的预测能力(Q2值)与置换测试中生成的Q2值的分布。具体来说: 原始模型的Q2值应显著高于置换后的Q2值分布。这意味着,原始数据的模型拟合效果应显著好于随机排

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