代谢组学FAQ汇总

• • 大分子质谱有什么可以优化的参数吗？数据检索中二级谱图与理论谱图匹配时，怎么判断匹配的好坏呢？

  质谱分析中确实有一些参数可以优化，以提高大分子（如蛋白质）的检测效率和准确性。这些参数包括离子源参数（例如电压、电流、温度等）、分析器参数（例如分辨率、灵敏度等）和探测器参数（例如增益、死时间等）。在实际操作中，根据待测样品的性质和实验目的，需要综合考虑并调整这些参数。在数据检索中，二级谱图

• • 用非靶代谢筛选出来的代谢物，根据KEGG富集到了代谢通路以后，想知道每个通路是关于什么的，可以用网络药理学筛选吗？

  是的，可以使用网络药理学方法来进一步分析通过KEGG富集得到的代谢通路，了解每个通路的生物学功能和潜在的药理作用。这种方法通常包括以下几个步骤：   1.代谢物标识与通路映射： 首先确认非靶代谢筛选出的代谢物，并通过KEGG等数据库寻找这些代谢物所涉及的生物通路。   2.目标蛋白确定： 识

• • 多糖的分析方法和过程：多糖的重复片段是怎么确定的？

  多糖的分析通常涉及以下步骤来确定其重复片段：   1.分离与纯化： 首先，使用色谱技术（如凝胶渗透色谱）分离并纯化多糖样品。   2.水解： 将多糖样品酸水解，将其分解为单糖或较小的糖片段。这一步是为了简化结构分析。   3.单糖组成分析： 使用高效液相色谱（HPLC）或气相色谱（GC）分析

• • 确定代谢物，在数据库里面检索了，一个质荷比筛选出上千条结果，这个应该怎么解决？

  针对这一情况，你可以选用以下措施进一步缩小范围：1. 保留时间筛选：结合已知代谢物的保留时间信息，初步筛选与实验保留时间相符的代谢物。可以使用保留时间预测软件（如Retention Time Predictor）来帮助筛选。2. 同位素模式和分子碎片 同位素分布：分析样品的同位素分布模式，与

• • 请问只有质荷比和保留时间怎么确定代谢物？

  只有质荷比和保留时间通常无法确定代谢物的确切身份，因为这些参数缺乏足够的特异性。具体原因如下： 1.同分异构体： 不同的化合物可能具有相同的质荷比（m/z）和相似的保留时间。   2.复杂样品基质： 样品中可能存在多种化合物，干扰分析结果。   可以采取以下步骤提高确定性： 1.标准品对照：

• • 在通路富集中，一部分代谢物匹配不到相应的KEGG编号，导致一些通路富集不到，该怎么办？

  对于代谢物无法匹配KEGG编号的问题，可以考虑以下几个解决方案： 1.补充数据库: 确认所用的KEGG数据库是最新版本，或探索其他生物信息数据库如MetaCyc或Reactome，它们可能包含更多更新的或额外的代谢物信息。   2.化学结构分析: 使用代谢物的化学结构信息，在PubChe

• • PLS-DA/OPLS-DA，怎么用s-plots筛选p<0.05?

  要使用S-plots从PLS-DA或OPLS-DA模型中筛选出 p 值小于 0.05 的变量，可以遵循以下步骤：   1.建立模型： 首先建立PLS-DA或OPLS-DA模型。   2.生成S-plot： 在模型结果的基础上生成S-plot，该图展示了变量的协方差和相关性系数。   3.识别

• • R²Y截距比较大可以用吗

  在PLS-DA（偏最小二乘判别分析）中，R²Y的截距（Intercept）值较大通常表明模型存在过拟合的问题。这是因为R²Y截距是通过随机置换Y变量的标签来估计的，反映的是模型对于纯随机数据的拟合能力。如果这个值较高，说明模型可能捕捉到了噪声而非真实的、可解释的变异。因此，一个较大的R²Y截

• • 筛选出差异菌与差异代谢物并校正之后能直接关联分析吗,还是需要进一步筛选缩小范围?

  筛选出差异菌与差异代谢物并完成校正之后，如果数据集中，微生物和代谢物的数量适中，可以直接进行关联分析。这样做可以最大限度识别菌群与代谢物之间的全部潜在关系。然而，如果筛选出的差异菌和差异代谢物数量庞大，直接进行关联分析可能导致太多无关结果，从而使解释困难。在这种情况下，进一步缩小范围可以提高

• • 做肠道菌群方面的代谢组学一般是做血液还是粪便呢

  肠道菌群方面的代谢组学研究一般是通过分析粪便样本进行的。粪便样本能够提供关于肠道微生物群的直接信息，包括它们的代谢活动。