代谢组学FAQ汇总

• • 细菌细胞膜脂质的提取办法

  细菌细胞膜脂质的提取通常涉及破碎细胞、提取脂质、以及清洁提取物等步骤，详细描述如下：1.细胞收集和预处理细胞培养：首先培养细菌至所需的生长阶段。收集细胞：通过离心等方法收集细菌细胞。细胞洗涤：使用适当的缓冲液（如磷酸盐缓冲液，PBS）洗涤细胞，去除培养基和外部污染物。

• • 合成肽的原理

  固相肽合成（SPPS）原理 首先将第一个氨基酸固定在一个不溶于有机溶剂的固体载体（树脂）上。然后按照肽链的顺序，逐个添加下一个氨基酸。每添加一个氨基酸前，都需要去除上一个氨基酸的保护基，以暴露出自由的氨基，然后通过化学反应形成肽键。 液相肽合成（LPPS） 在溶液中直接进行氨基酸之

• • 热图上的显著性差异物的名称这么多，分析的时候该怎么描述？

  热图上旋转的文字部分列出的是显著性差异物的名称。在分析时，可以简要说明显著性差异物在样本间的表达模式（如某些物质在特定条件下高表达或低表达），并可能指出几个关键或者代表性的物质来突出它们在实验条件下的变化。此外，可以通过聚类结果概述物质之间的相似性或差异性。     差异代谢产物聚类分析

• • 已经体外实验选好了通路，并且做出来了，再想通过网药来验证,怎么去直接选择目标通路呢？

  在已通过体外实验确定特定通路后，为直接选择并进一步利用网络药理学验证目标通路，您可以使用网络药理学数据库（如DrugBank或KEGG）查询与该通路相关的关键分子（如蛋白质、基因）。然后，利用这些信息寻找已知药物或化合物与这些关键分子的相互作用，从而识别出潜在的药物靶点。接下来，通过预测的药

• • 怎么提细胞外囊泡的脂质，适合用经典的folch法还是甲基叔丁基醚法？

  提取细胞外囊泡的脂质时，Folch法和甲基叔丁基醚（MTBE）法都可用，但选择哪一种方法取决于样本的性质和后续分析的需求。Folch法适用于从多种生物样本中提取脂质，适合复杂样本，能有效分离脂质与非脂质成分。MTBE法操作简便，相比Folch法具有更好的安全性和更低的极性脂质损失，适合脂质组

• • 细菌多糖透析纯化，该选多大分子量的透析袋？

  细菌多糖透析纯化时，应选择的透析袋分子量截留限（MWCO）应小于多糖的分子量，通常建议选用分子量截留限为多糖分子量的1/3至1/2。例如，若细菌多糖的分子量约为30万Da，透析袋的分子量截留限应选择在10万到15万Da之间。这样可以确保小分子杂质（如盐分、小分子量的蛋白质等）可以通过透析膜排

• • 差异代谢物的中文译名都是直接机翻译出来的吗？还是有什么网站可以查询的呢？

  差异代谢物的中文译名通常不是直接机翻的，而是根据专业术语和学术共识进行翻译。可以通过以下途径查询： 1.专业词典和术语数据库： 如《生物学名词》、《化学名词》等专业词典，以及科研机构发布的术语数据库，如中国科学技术术语网（CSTNet），提供了广泛的科学技术领域的术语翻译和定义。 2.学

• • 主成分分析和灰色关联度分析哪个更优越

  主成分分析（PCA）和灰色关联度分析（GRA）是两种不同的统计分析方法，它们在数据分析中各有优势，没有绝对的优劣之分。选择哪种方法取决于分析的目的和数据的特点。 1.主成分分析（PCA）： 一种降维技术，旨在减少数据集中的变量数量，同时保留原始数据中的大部分信息。它通过识别数据中的主要变量

• • 做非靶向肝脏代谢组学探索的流动相条件应该怎么去摸索，是根据方子还是根据组织摸索呢？

  在进行非靶向肝脏代谢组学研究时，探索流动相条件主要是为了优化色谱分离和提高代谢物检测的覆盖范围与灵敏度。选择流动相条件通常基于以下几个因素，而不是简单地依据特定的“方子”或仅仅基于组织类型。这些因素包括： 1.代谢物的化学特性： 肝脏代谢物包括广泛的化合物类别，如脂

• • 怎么通过差异基因得到p值呢？需要r语言吗？

  通过差异基因分析得到p值通常涉及比较两组或多组样本中基因的表达差异，这个过程可以使用多种统计软件和编程语言完成，R语言是其中一种常用的工具，因为它提供了多种生物信息学和统计分析包。 在R语言中，可以使用如edgeR、DESeq2或limma等包进行差异表达分析。这些包可以计算基因表达差异的