完成待测物鉴定怎么去把它归属到不同的种类呢或者说怎么批量查询这些代谢物属于什么种类？

在完成待测代谢物的鉴定后，将其归属于不同的种类或进行批量查询通常依赖生物信息学数据库和专业分析工具。以下是详细的步骤和工具推荐：

 

1、获取标识符

（1）确保代谢物有KEGG ID、HMDB ID、InChI Key或SMILES。

（2）若有缺失，可使用PubChem Identifier Exchange Service进行标识符转换。

 

2、批量查询工具

（1）KEGG：获取代谢物分类和通路信息。

（2）HMDB：批量搜索代谢物，获取化学和生物分类。

（3）MetaboAnalyst：上传代谢物列表，进行功能富集和分类分析。

 

3、自动化查询（推荐）

（1）Python脚本：使用requests库批量从KEGG或HMDB API中获取信息。

（2）R脚本：使用KEGGREST批量获取代谢物数据。

 

4、可视化与整合

（1）MetaboAnalyst：生成分类饼图或条形图。

（2）R ggplot2：进行数据可视化。

 

5、数据存储

整理分类结果，保存为”.csv“或”.xlsx“格式，包含ID、名称、分类、通路等信息。

 

推荐工作流：获取ID → 批量查询（KEGG/HMDB/MetaboAnalyst）→ 数据整合 → 可视化 → 保存结果。

 

百泰派克生物科技--生物制品表征，多组学生物质谱检测优质服务商

 

相关服务： 

代谢组学生物信息学分析