代谢组学FAQ汇总
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• 做非靶向肝脏代谢组学探索的流动相条件应该怎么去摸索,是根据方子还是根据组织摸索呢?
在进行非靶向肝脏代谢组学研究时,探索流动相条件主要是为了优化色谱分离和提高代谢物检测的覆盖范围与灵敏度。选择流动相条件通常基于以下几个因素,而不是简单地依据特定的“方子”或仅仅基于组织类型。这些因素包括: 1.代谢物的化学特性: 肝脏代谢物包括广泛的化合物类别,如脂
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通过差异基因分析得到p值通常涉及比较两组或多组样本中基因的表达差异,这个过程可以使用多种统计软件和编程语言完成,R语言是其中一种常用的工具,因为它提供了多种生物信息学和统计分析包。 在R语言中,可以使用如edgeR、DESeq2或limma等包进行差异表达分析。这些包可以计算基因表达差异的
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• 2D Blue Native/SDS-PAGE复合物分析中,marker用什么呢?
在2D Blue Native/SDS-PAGE复合物分析中,首先通过Blue Native PAGE (BN-PAGE) 分离蛋白质复合物,然后在第二维使用SDS-PAGE分离复合物中的单个蛋白质。因此,可能需要两种类型的标记物:一种用于BN-PAGE,另一种用于SDS-PAGE。 1.
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• 未知代谢物鉴定中,代谢组学下机数据怎样对聚合物进行注释呢?
下机数据的注释过程大致可以分为以下几个步骤: 1.数据预处理: 首先需要对下机数据进行质量控制、峰值检测和峰值对齐等预处理步骤,以便提取有用的信号并减少背景噪声。 2.特征检测: 通过软件工具识别出代谢特征,即在质谱图中检测到的独立的质荷比(m/z)和保留时间(RT)对。 3.质谱数据
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• KEGG差异代谢产物通路分析中,在哪查详细代谢通路信息来明确筛出的通路和研究目的的相关性?KEGG网站有文字描述代谢通路信息吗?
在KEGG差异代谢产物通路分析中,想要查询具体代谢通路的详细信息,可以直接访问KEGG数据库的官方网站。http://www.kegg.jp/ 或 https://www.genome.jp/kegg/ 然后使用搜索框输入你关注的代谢通路的名称或KEGG ID。浏览搜索结果,点击你感兴趣的通
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• 粪便在-80°C冷冻3年,能检测肠菌吗? 放置太久会不会影响结果? 血清也冻存了3年,对非靶向代谢物检测有无影响?
1、粪便样本冻存用于肠道菌群分析: 冻存粪便样本在 -80°C 是微生物研究中的标准做法,可以很好地保留样本中的细菌DNA,使其适合于后续的肠道菌群分析。尽管样本被冻存了3年,但在这种低温下,DNA的降解速度非常慢,仍然可以进行肠道菌群的检测和分析。然而,长时间的冻存可能会影响样本中
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在测定硫醇的过程中加入盐酸胍(hydroxylamine hydrochloride)主要是为了消除硝酸盐对分析结果的干扰。硝酸盐在某些情况下可以氧化硫醇,导致分析结果偏低。盐酸胍可以与硝酸盐反应,将其还原为氮气和水,从而防止硫醇被氧化,确保测定结果的准确性和可靠性。 百泰派克生物科技&m
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• 怎么通过感兴趣的通路做WGCNA图并找到其中的关键基因?
一、数据准备: 首先,需要有一组高质量的基因表达数据,通常是来自RNA-seq或微阵列实验的数据。 二、数据预处理: 对数据进行标准化处理,去除批次效应(如果有的话),并筛选掉表达量极低的基因。 三、选择感兴趣的通路: 根据你的研究目标,从已知的生物信息数据库(如KEGG, Reacto
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• PLS-DA/OPLS-DA二维图的q2是负数,可以通过哪些参数进行调试呢?
PLS-DA(Partial Least Squares Discriminant Analysis)和OPLS-DA(Orthogonal Partial Least Squares Discriminant Analysis)中的 Q2 值为负数通常表示模型的预测能力不佳。Q2值是一种交
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多糖的纯度计算通常依赖于特定的分析技术,如高效液相色谱(HPLC)或凝胶渗透色谱(GPC),不同的分析方法可能需要不同的计算方式,这里介绍一种基于色谱技术的纯度计算方法: 1.样品制备与分析: 首先,将多糖样品通过适当的色谱系统进行分析。 2.峰面积计算: 在色
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