代谢组学FAQ汇总
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代谢物鉴定用的软件有MZmine、XCMS、MetaboAnalyst、Compound Discoverer等。保证鉴定结果准确性的方法包括确保高质量的数据、正确设定参数、使用可靠的数据库进行比对,以及通过实验验证关键代谢物等。
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对于巴戟天多糖代谢组的研究,现今主要采用的方法包括高效液相色谱-质谱(HPLC-MS)以及气相色谱-质谱(GC-MS),适用于不同类型的样品。
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丙酸和戊酸在不同浓度下峰面积一致,可能是样品制备、仪器设置或色谱条件问题。建议检查浓度配制、进样量、检测器线性、色谱分离条件,并重新验证方法线性。
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分析出差异代谢物后,你可以通过这些方法查找差异代谢物相关的基因信息:1. 数据库和文献搜索 使用代谢物的名称或结构,通过文献数据库(如PubMed)和专业的代谢组数据库(如HMDB, KEGG, MetaboAnalyst)搜索相关的基因和生物途径。2. 生物信息学工具MetaboAnaly
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• 大分子质谱有什么可以优化的参数吗?数据检索中二级谱图与理论谱图匹配时,怎么判断匹配的好坏呢?
质谱分析中确实有一些参数可以优化,以提高大分子(如蛋白质)的检测效率和准确性。这些参数包括离子源参数(例如电压、电流、温度等)、分析器参数(例如分辨率、灵敏度等)和探测器参数(例如增益、死时间等)。在实际操作中,根据待测样品的性质和实验目的,需要综合考虑并调整这些参数。在数据检索中,二级谱图
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• 用非靶代谢筛选出来的代谢物,根据KEGG富集到了代谢通路以后,想知道每个通路是关于什么的,可以用网络药理学筛选吗?
是的,可以使用网络药理学方法来进一步分析通过KEGG富集得到的代谢通路,了解每个通路的生物学功能和潜在的药理作用。这种方法通常包括以下几个步骤: 1.代谢物标识与通路映射: 首先确认非靶代谢筛选出的代谢物,并通过KEGG等数据库寻找这些代谢物所涉及的生物通路。 2.目标蛋白确定: 识
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多糖的分析通常涉及以下步骤来确定其重复片段: 1.分离与纯化: 首先,使用色谱技术(如凝胶渗透色谱)分离并纯化多糖样品。 2.水解: 将多糖样品酸水解,将其分解为单糖或较小的糖片段。这一步是为了简化结构分析。 3.单糖组成分析: 使用高效液相色谱(HPLC)或气相色谱(GC)分析
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• 确定代谢物,在数据库里面检索了,一个质荷比筛选出上千条结果,这个应该怎么解决?
针对这一情况,你可以选用以下措施进一步缩小范围:1. 保留时间筛选:结合已知代谢物的保留时间信息,初步筛选与实验保留时间相符的代谢物。可以使用保留时间预测软件(如Retention Time Predictor)来帮助筛选。2. 同位素模式和分子碎片 同位素分布:分析样品的同位素分布模式,与
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只有质荷比和保留时间通常无法确定代谢物的确切身份,因为这些参数缺乏足够的特异性。具体原因如下: 1.同分异构体: 不同的化合物可能具有相同的质荷比(m/z)和相似的保留时间。 2.复杂样品基质: 样品中可能存在多种化合物,干扰分析结果。 可以采取以下步骤提高确定性: 1.标准品对照:
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• 在通路富集中,一部分代谢物匹配不到相应的KEGG编号,导致一些通路富集不到,该怎么办?
对于代谢物无法匹配KEGG编号的问题,可以考虑以下几个解决方案: 1.补充数据库: 确认所用的KEGG数据库是最新版本,或探索其他生物信息数据库如MetaCyc或Reactome,它们可能包含更多更新的或额外的代谢物信息。 2.化学结构分析: 使用代谢物的化学结构信息,在PubChe
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