代谢组学FAQ汇总

• • 请问非靶向代谢组学筛选出的差异代谢物后续可以做哪些深入分析呢？做了通路富集之后可以从代谢通路逆推找到关键酶或者基因吗？

  在非靶向代谢组学中，筛选出的差异代谢物可以通过验证、富集分析、逆推关键酶与基因以及多组学整合等方法进行深入研究。代谢通路富集后可以通过生物信息学工具逆推相关的关键酶，并结合转录组和蛋白质组等数据进一步确认候选基因与酶的作用；最终通过功能实验验证这些基因或酶在代谢调控中的具体作用。

• • 请问能用液相测定多肽在血清中的代谢情况吗?

  液相色谱可以用于分离多肽，但单独使用液相色谱通常无法有效测定多肽在血清中的代谢情况。原因在于血清中的多肽含量通常较低，且其代谢物与其他复杂的生物分子（如蛋白质、脂类等）混杂在一起，液相色谱的检测灵敏度不足以有效区分这些分子。 为了实现更准确的测定，液相色谱一般需要联用质谱（LC-MS），通

• • 请问根际微生物、根际分泌物和根际非靶向代谢可以出现在同一片文章吗？如果可以的话，那么它们的先后顺序是怎样的？

  根际微生物、根际分泌物和根际非靶向代谢可以出现在同一篇文章中，这三者在植物生态系统中都起着重要的作用。它们的先后顺序可以根据文章的主题和目的来确定，但在一般情况下，可能会先从宏观的根际微生物开始讨论，接着是根际分泌物，最后是根际非靶向代谢。

• • 靶向代谢组学加内标多少？

  在靶向代谢组学研究中，内标（Internal Standard, IS）的添加是一个关键步骤，合理的内标添加量能够提高定量分析的准确性和重现性，实际的数量需要根据实验设计和需求来确定。一般来说，内标的数量应该足够使其在整个实验过程中都可以被准确地测量出来，但又不能过多以至于干扰对目标代谢物的

• • 代谢物鉴定用的什么软件，如何保证鉴定结果的准确性？

  代谢物鉴定用的软件有MZmine、XCMS、MetaboAnalyst、Compound Discoverer等。保证鉴定结果准确性的方法包括确保高质量的数据、正确设定参数、使用可靠的数据库进行比对，以及通过实验验证关键代谢物等。

• • 请问现在有能做巴戟天多糖代谢组的方法吗？

  对于巴戟天多糖代谢组的研究，现今主要采用的方法包括高效液相色谱-质谱（HPLC-MS）以及气相色谱-质谱（GC-MS），适用于不同类型的样品。

• • 丙酸和戊酸在不同浓度下峰面积一致是什么原因？

  丙酸和戊酸在不同浓度下峰面积一致，可能是样品制备、仪器设置或色谱条件问题。建议检查浓度配制、进样量、检测器线性、色谱分离条件，并重新验证方法线性。

• • 请问分析出差异代谢物后怎么查到相关的差异基因呢?

  分析出差异代谢物后，你可以通过这些方法查找差异代谢物相关的基因信息：1. 数据库和文献搜索 使用代谢物的名称或结构，通过文献数据库（如PubMed）和专业的代谢组数据库（如HMDB, KEGG, MetaboAnalyst）搜索相关的基因和生物途径。2. 生物信息学工具MetaboAnaly

• • 大分子质谱有什么可以优化的参数吗？数据检索中二级谱图与理论谱图匹配时，怎么判断匹配的好坏呢？

  质谱分析中确实有一些参数可以优化，以提高大分子（如蛋白质）的检测效率和准确性。这些参数包括离子源参数（例如电压、电流、温度等）、分析器参数（例如分辨率、灵敏度等）和探测器参数（例如增益、死时间等）。在实际操作中，根据待测样品的性质和实验目的，需要综合考虑并调整这些参数。在数据检索中，二级谱图

• • 用非靶代谢筛选出来的代谢物，根据KEGG富集到了代谢通路以后，想知道每个通路是关于什么的，可以用网络药理学筛选吗？

  是的，可以使用网络药理学方法来进一步分析通过KEGG富集得到的代谢通路，了解每个通路的生物学功能和潜在的药理作用。这种方法通常包括以下几个步骤：   1.代谢物标识与通路映射： 首先确认非靶代谢筛选出的代谢物，并通过KEGG等数据库寻找这些代谢物所涉及的生物通路。   2.目标蛋白确定： 识