我一组做了三个平行,萃取也是三个平行,那建议从这三个平行复溶液分别取样测代谢组,还是混合后再取样?

在你的实验设计中，每组做了 3 个平行样（即3个独立生物重复）和3个平行萃取，这实际上为你提供了很好的重复性数据。建议分别取样，即保留每个生物重复。

 

1、分别取样测代谢组

（1）优点：可以保留每个平行样本的独立性，确保每个样本的代谢特征都被独立分析，能有效评估不同样本之间的变异性。

（2）缺点：如果样本之间的变异较大，可能会导致数据噪音，且对后续分析处理的复杂度较高。

 

2、混合后取样

（1）优点：混合样本后再测定代谢组，可以减少个体样本之间的变异，得到一个总体代谢特征，数据波动较小，适合对整体趋势的评估。

（2）缺点：如果个别平行实验中存在显著的差异，混合后取样可能掩盖某些细微的差异，导致个体差异丧失，不可做统计检验（如t检验、PCA、火山图等）。混样测得的数据用于探索性研究或开发性展示可以，但科研严谨性不够。

 

3、建议

如果你的研究目标是观察样本间的差异性和变异性，那么分别取样测代谢组会更好。

如果你的研究目的是想了解整体趋势，减少噪音，或是平行样本之间没有显著差异，那么混合后取样是一个更简化的策略。

同时，考虑到实验的重复性和后续数据分析的需要，你也可以在混合样本的基础上保留一些单独的平行样本，作为对比，这样可以更好地评估混合可能带来的信息丢失。

 

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