代谢组学FAQ汇总

• • 已经体外实验选好了通路，并且做出来了，再想通过网药来验证,怎么去直接选择目标通路呢？

  在已通过体外实验确定特定通路后，为直接选择并进一步利用网络药理学验证目标通路，您可以使用网络药理学数据库（如DrugBank或KEGG）查询与该通路相关的关键分子（如蛋白质、基因）。然后，利用这些信息寻找已知药物或化合物与这些关键分子的相互作用，从而识别出潜在的药物靶点。接下来，通过预测的药

• • 怎么提细胞外囊泡的脂质，适合用经典的folch法还是甲基叔丁基醚法？

  提取细胞外囊泡的脂质时，Folch法和甲基叔丁基醚（MTBE）法都可用，但选择哪一种方法取决于样本的性质和后续分析的需求。Folch法适用于从多种生物样本中提取脂质，适合复杂样本，能有效分离脂质与非脂质成分。MTBE法操作简便，相比Folch法具有更好的安全性和更低的极性脂质损失，适合脂质组

• • 细菌多糖透析纯化，该选多大分子量的透析袋？

  细菌多糖透析纯化时，应选择的透析袋分子量截留限（MWCO）应小于多糖的分子量，通常建议选用分子量截留限为多糖分子量的1/3至1/2。例如，若细菌多糖的分子量约为30万Da，透析袋的分子量截留限应选择在10万到15万Da之间。这样可以确保小分子杂质（如盐分、小分子量的蛋白质等）可以通过透析膜排

• • 差异代谢物的中文译名都是直接机翻译出来的吗？还是有什么网站可以查询的呢？

  差异代谢物的中文译名通常不是直接机翻的，而是根据专业术语和学术共识进行翻译。可以通过以下途径查询： 1.专业词典和术语数据库： 如《生物学名词》、《化学名词》等专业词典，以及科研机构发布的术语数据库，如中国科学技术术语网（CSTNet），提供了广泛的科学技术领域的术语翻译和定义。 2.学

• • 主成分分析和灰色关联度分析哪个更优越

  主成分分析（PCA）和灰色关联度分析（GRA）是两种不同的统计分析方法，它们在数据分析中各有优势，没有绝对的优劣之分。选择哪种方法取决于分析的目的和数据的特点。 1.主成分分析（PCA）： 一种降维技术，旨在减少数据集中的变量数量，同时保留原始数据中的大部分信息。它通过识别数据中的主要变量

• • 做非靶向肝脏代谢组学探索的流动相条件应该怎么去摸索，是根据方子还是根据组织摸索呢？

  在进行非靶向肝脏代谢组学研究时，探索流动相条件主要是为了优化色谱分离和提高代谢物检测的覆盖范围与灵敏度。选择流动相条件通常基于以下几个因素，而不是简单地依据特定的“方子”或仅仅基于组织类型。这些因素包括： 1.代谢物的化学特性： 肝脏代谢物包括广泛的化合物类别，如脂

• • 怎么通过差异基因得到p值呢？需要r语言吗？

  通过差异基因分析得到p值通常涉及比较两组或多组样本中基因的表达差异，这个过程可以使用多种统计软件和编程语言完成，R语言是其中一种常用的工具，因为它提供了多种生物信息学和统计分析包。 在R语言中，可以使用如edgeR、DESeq2或limma等包进行差异表达分析。这些包可以计算基因表达差异的

• • 2D Blue Native/SDS-PAGE复合物分析中，marker用什么呢？

  在2D Blue Native/SDS-PAGE复合物分析中，首先通过Blue Native PAGE (BN-PAGE) 分离蛋白质复合物，然后在第二维使用SDS-PAGE分离复合物中的单个蛋白质。因此，可能需要两种类型的标记物：一种用于BN-PAGE，另一种用于SDS-PAGE。 1.

• • 未知代谢物鉴定中，代谢组学下机数据怎样对聚合物进行注释呢？

  下机数据的注释过程大致可以分为以下几个步骤： 1.数据预处理： 首先需要对下机数据进行质量控制、峰值检测和峰值对齐等预处理步骤，以便提取有用的信号并减少背景噪声。 2.特征检测： 通过软件工具识别出代谢特征，即在质谱图中检测到的独立的质荷比（m/z）和保留时间（RT）对。 3.质谱数据

• • KEGG差异代谢产物通路分析中，在哪查详细代谢通路信息来明确筛出的通路和研究目的的相关性？KEGG网站有文字描述代谢通路信息吗?

  在KEGG差异代谢产物通路分析中，想要查询具体代谢通路的详细信息，可以直接访问KEGG数据库的官方网站。http://www.kegg.jp/ 或 https://www.genome.jp/kegg/ 然后使用搜索框输入你关注的代谢通路的名称或KEGG ID。浏览搜索结果，点击你感兴趣的通