请问真菌受药物影响前后代谢组学样品该怎么处理？我们目前打算用不会抑制真菌生长的浓度培养真菌24小时。

针对“药物处理前后真菌代谢组学样品的处理”需确保代谢物稳态信息的真实性与可比性，结合您计划使用不抑制生长的药物浓度（亚抑制浓度）培养24小时的策略，建议如下处理流程与注意事项：

 

一、在处理前，首先明确以下几个实验参数

1、药物为细胞壁类、核酸合成类还是代谢干扰类；

2、培养体系为液体还是固体培养，是否为摇瓶；

3、样品取材部位（胞内 vs. 胞外代谢物）；

4、是以代谢组为主，还是结合转录组、表型等数据。

 

二、样品处理建议如下

1、平行设置处理组与对照组：确保菌株、生长基质、初始接种量一致，仅药物浓度不同（如0 vs. 亚抑制浓度），所有样品培养时间严格一致（24小时）。

 

2、终止代谢反应（淬灭）：代谢组学的核心是“捕捉代谢瞬时状态”。培养结束后应迅速终止代谢活动，推荐方法如下：

（1）液体培养体系：立即将培养体系快速冷却至0–4°C，建议放入冰浴中，随后迅速离心（4°C，高速）回收菌体；

（2）固体培养体系或菌丝体收集：用冷PBS或冷甲醇迅速洗脱、冷离心收集。

 

3、样品分组保存

（1）若分析胞内代谢物，需用冷甲醇/水（或甲醇/乙腈混合）溶液提取，配合物理破碎（如液氮研磨），离心去除碎屑后，收集上清于-80°C保存；

（2）若分析胞外代谢物，建议收集培养上清后-80°C冻存，避免反复冻融。

 

4、质量控制与预实验建议

（1）建议做一组生长曲线（OD600或干重）确认该药物浓度在24h内不抑制生长；

（2）可设立多个时间点（如12h/24h/36h）筛选最能体现代谢差异的阶段；

（3）提前进行预实验，评估样品中代谢物丰度是否满足质谱检测灵敏度。

 

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