蛋白分析FAQ汇总

• • 为什么离子库不是用SWATH生成的？或者为什么数据库不是通过在MS和MS/MS级别对样本中的每个离子进行测序生成的？

  理想情况下应该是这样，因为理想情况下，仪器的速度足以在0.7Da的小窗口中扫描整个m/z范围，相当于MRM窗口，这也是可以用四极杆隔离的最小窗口。扫描常规m/z范围内的蛋白质（从350到1250 m/z）大约代表1285个0.7Da的单独窗口，在这个窗口中，必须分离和片段化前体离子以记录其片

• • SWATH质谱产生的碎片离子如何对应到蛋白质？

  一旦完成数据采集后成，每个离子的MS和MS/MS信息将映射到理论数据库中，以识别样本中存在的肽和蛋白质。这个过程可以通过多种算法完成，包括Mascot、OMSSA、ProteinPilot等。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务

• • SWATH采集通过顺序分析窗口来获取数据，通常这些数据是如何获取的？

  一般情况下，或在IDA模式下，数据是在扫描后获取的。扫描确定40种最强烈的离子，并且只对这些离子进行碎片处理。这意味着在一个固定的时间点上，只有被碎片化的离子才是被选中的最强烈的离子。在一个SWATH周期内，所有窗口都是按顺序获取的。例如：假设我们要覆盖350-1250 m/z的离子范围。窗

• • 质谱数据用于描述样品中蛋白质丰度的单位是什么？

  MS数据像其他光谱和色谱数据一样，通常通过将峰面积（以任意单位）与定量标准品的峰面积进行比较来量化。因此，Y轴只是信号的强度，通常不显示其直接实验读数单位。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 在制备LC-MS/MS样品过程中，使用还原剂会使氧化蛋氨酸还原吗？

  蛋氨酸氧化与半胱氨酸氧化不同，在没有专用酶或催化剂的作用下是不可逆的。TCEP和DTT都不能减少蛋氨酸氧化情况。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 在LC-MS/MS样品制备和上机分析过程中是否会发生蛋氨酸氧化？

  样品制备过程中蛋氨酸发生体外氧化是LC-MS/MS分析中一个十分常见的问题，大多数体外氧化发生在肽消化过程以及电喷雾电离过程中。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 为什么要将蛋白质消化成肽进行液相色谱-质谱分析，而不是直接分析蛋白质？

  虽然质谱仪可以测量完整蛋白质的质量，但在蛋白质组学中分析肽而不是蛋白质的原因有很多：1、蛋白质可能难以处理，并且在相同的条件下可能并不都是可溶的。2、此外，质谱仪对蛋白质的灵敏度远低于对肽的灵敏度，并且蛋白质可能被处理和修饰，使得组合效应使得无法确定许多所得同种型的质量。此外，从序列中预测成

• • 什么是蛋白免疫印迹（Western Blot）？

  蛋白质免疫印迹是细胞和分子生物学中一种流行的技术，用于检测从细胞或组织中提取的特定蛋白质的存在。相关服务:蛋白质免疫印迹和电转移服务

• • 如何选择蛋白印迹使用的膜？

  在选择膜时，要考虑膜的类型以及孔径等因素。与硝化纤维素膜（80-100mg/cm2）相比，PVDF膜具有更大的蛋白质结合能力（170-200mg/cm2），因此PVDF更适合用于检测低丰度的蛋白质，但使用此膜可能会导致更高的背景。PVDF和硝化纤维素膜的典型孔径为0.1、0.2或0.45mm

• • 免疫印迹有哪些检测方法？

  蛋白质印迹检测有三种不同的方法：化学发光法、化学荧光法和荧光法。化学发光是较常用的检测方法，通过酶（如辣根过氧化物酶HRP）和化学发光分子（如鲁米诺）之间发生的化学反应发光，这种发光可以用CCD成像仪检测。化学荧光是一种结合荧光和化学发光的分子生物学和生物化学的替代标记和检测方法。化学发光基