SWATH采集通过顺序分析窗口来获取数据，通常这些数据是如何获取的？

一般情况下，或在IDA模式下，数据是在扫描后获取的。扫描确定40种最强烈的离子，并且只对这些离子进行碎片处理。这意味着在一个固定的时间点上，只有被碎片化的离子才是被选中的最强烈的离子。在一个SWATH周期内，所有窗口都是按顺序获取的。例如：假设我们要覆盖350-1250 m/z的离子范围。窗口#1的范围为350-352.4m/z，仪器会将所有适合此窗口的离子（强烈或不强烈）打碎，由此可以获得350-352.4m/z窗口内所有离子的MS/MS碎片的混合。然后，仪器将从第二个窗口中继续分离并打碎离子，例如从352.4-356.1m/z，以记录其MS/MS碎片，依此类推，直到第100个窗口。

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