为什么离子库不是用SWATH生成的？或者为什么数据库不是通过在MS和MS/MS级别对样本中的每个离子进行测序生成的？

理想情况下应该是这样，因为理想情况下，仪器的速度足以在0.7Da的小窗口中扫描整个m/z范围，相当于MRM窗口，这也是可以用四极杆隔离的最小窗口。扫描常规m/z范围内的蛋白质（从350到1250 m/z）大约代表1285个0.7Da的单独窗口，在这个窗口中，必须分离和片段化前体离子以记录其片段离子。然而，实际应用中并不是这样。使用最新版本的TripleTOF 6600，可以在1个周期内定义200个更大的m/z窗口。而大多数仪器只能定义100个窗口，为什么不能用100个较大的窗口生成数据库，因为每个窗口都有MS和MS/MS信息。我们从一个SWATH窗口中得到的是该窗口中存在的所有MS离子的MS/MS片段的混合。通过反卷积可以减少MS/MS错误，但是并不能完全规避这种错误信号。

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