资源中心

• • 转录组与代谢组联合分析：设计要点、通路整合与生物学解释框架

  综述转录组与代谢组联合分析的逻辑：配对与批次控制、通路层整合策略、因果关系表述边界及相关多组学服务入口。

• • iTRAQ 蛋白组学：标记原理、8-plex流程与和同位素/TMT的差异

  概述 iTRAQ 同重肽段体外标记多重定量原理、工作流程、比值压缩与同策略（TMT SILAC LF DIA）对比，并外链定量蛋白组与相关服务页。

• • 对多肽的检测是自上而下还是自下而上？怎么选更合适

  自上而下与自下而上在多肽场景的选用：分子量纯度、基质复杂度与测序/修饰目标；串联多肽鉴定、测序、纯度、肽组学与 top-down 服务外链。

• • IP 与 Co-IP 有何区别？实验目的、流程差异与质谱衔接

  对比 IP（免疫沉淀）与 Co-IP（免疫共沉淀）的科学问题与流程侧重点，并与 WB、IP-MS/Co-IP-MS、SILAC 等衔接，提醒常见对照与误读陷阱。

• • 串联质谱鉴定蛋白质：MS/MS 如何从肽段碎片确认蛋白身份？

  串联质谱鉴定蛋白质通过酶解肽段、LC-MS/MS 采集、碎片离子匹配和数据库检索确认蛋白身份。说明蛋白串联质谱分析原理、适用样品、结果解读、优势限制和方法选择。

• • IP 质谱（IP-MS）是什么？流程、定量可能与结果解读要点

  IP-MS：免疫沉淀富集后以 LC-MS/MS 鉴定互作候选，并可在 SILAC/Label-free 等策略下推断特异富集；说明对照、bottom-up、局限与GST pull-down 异同。

• • 代谢组「自下而上」说法辨析：小分子直接检测与蛋白组 bottom‑up 有何不同？

  厘清蛋白组 bottom-up（酶切肽段推断蛋白）与代谢小分子 LC-MS/MS 直接表征的差异；说明非靶向/靶向范式与话术混用带来的沟通陷阱，并提供代谢组学相关入口服务。

• • LC-MS/MS 样品分析指南：小分子到超大蛋白、前处理与联用要点

  概述 LC-MS/MS 在分离、电离与串联碎裂中的作用，说明溶液进样、m/z 跨度与靶向/发现策略差异，及 QqQ、高分辨与 Nano-LC 联用的取舍；对齐蛋白质组学相关服务链路。

• • 标记质谱与蛋白质定量：体内/体外同位素标记与 Label-free 如何选

  标记质谱在样品层引入稳定同位素或同重标签以便 LC-MS/MS 读出多样品相对丰度；对比 SILAC、iTRAQ/TMT、二甲基化等体外标记与 Label-free、DIA/SWATH 的适用场景与取舍。

• • 组蛋白甲基化修饰差异鉴定：方法、流程与结果解读

  组蛋白甲基化修饰差异鉴定可检测不同样本中组蛋白 Lys/Arg 位点及单、双、三甲基化水平变化。本文比较 LC-MS/MS、ChIP、Western blot 和蛋白芯片等方法，说明样品制备、位点定位、定量分析、适用场景和验证策略。