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磷酸化蛋白组学（phosphoproteomics）是一种研究蛋白质磷酸化修饰的高通量方法，是调控细胞信号转导、周期调控、代谢调节等关键生物过程的重要翻译后修饰（PTM），广泛应用于信号通路解析、疾病机制研究等领域。然而，由于磷酸化修饰的动态性、低丰度性及位点异质性，数据分析过程尤为复杂且具

蛋白磷酸化（Protein Phosphorylation）是一种可逆的翻译后修饰形式，在细胞信号传导、代谢调控、细胞周期等过程中扮演核心角色。它通过在蛋白质特定氨基酸残基（如丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸）上添加磷酸基团，迅速改变蛋白结构与功能，是细胞对外界刺激做出快速反应的重要机制。在癌症、自身

磷酸化是最常见的翻译后修饰之一，调控着细胞信号转导、细胞周期、代谢调控与凋亡等关键生命活动。异常的蛋白磷酸化与多种疾病密切相关，尤其是在癌症、糖尿病和神经退行性疾病的发生机制中发挥着重要作用。然而，磷酸化修饰本身具有低丰度、高动态性、易脱磷等特性，给其系统性研究带来不小挑战。因此，发展高灵敏

磷酸化蛋白质组学是蛋白质组学的一个重要分支，专注于系统性研究细胞或组织中蛋白质的磷酸化修饰。磷酸化是最常见的一种翻译后修饰，指的是在激酶的作用下，将磷酸基团共价地添加到蛋白质的特定位点（如丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸）上，从而调控蛋白质的活性、结构、定位或与其他分子的相互作用。通过高通量质谱分析结

Bottom-Up 蛋白质组学（也称分析型蛋白质组学）是一种主流的蛋白质组研究策略，指的是将复杂的蛋白质样本经过酶切（通常使用胰蛋白酶）分解为肽段后，再利用液相色谱-质谱联用技术（LC-MS/MS）对肽段进行鉴定与定量，从而推断原始蛋白质的信息。这种方法具有高通量、高灵敏度的特点，适用于复杂

Bottom‑Up 蛋白质组学，也称为“shotgun proteomics”，是将蛋白质在体外酶解成肽段，然后通过液相色谱–质谱（LC–MS/MS）鉴定多肽，再推断原始蛋白质的方法。与 top‑down 方法直接分析完整蛋白不同，bottom‑up 更适合高通量鉴定，但仅覆盖蛋白片段信息。

Bottom-Up 蛋白质组学（自下而上蛋白质组学）是一种研究蛋白质组的方法，它通过先将蛋白质酶解成较小的肽段，然后利用质谱（MS, Mass Spectrometry）等技术对这些肽段进行分析，以推断蛋白质的组成和特性。这是目前最常用的蛋白质组学策略之一。该方法以其高通量、灵敏度高和适应性

在 Bottom-Up 蛋白质组学（也称为“shotgun 蛋白质组学”）中，蛋白质样品经过酶切后以肽段的形式被分析，最终再推断出原始蛋白质。整个流程涉及质谱数据处理、肽段鉴定、蛋白质推断、定量分析等多个步骤。在Bottom-Up蛋白质组学中，数据分析的效率和准确性直接影响研究成果的深度和可

肿瘤标志物作为癌症诊疗的重要分子指标，长期依赖传统蛋白组学技术的支持。然而，肿瘤本质上是一种高度异质性的疾病，其关键蛋白往往具有丰富的翻译后修饰（PTMs）和变异异构体（proteoforms）。这些精细分子特征常常在传统Bottom-Up蛋白质组学中被忽略，制约了肿瘤标志物的发现深度与精准

Bottom-Up 蛋白质组学（Bottom-Up Proteomics）是目前最常用的蛋白质组学研究策略之一，其基本原理是通过将蛋白质样本酶解为肽段，然后利用质谱（Mass Spectrometry, MS）技术对这些肽段进行分析，从而推断原始蛋白质的种类与特征。Bottom-Up 蛋白质

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