磷酸化蛋白组学定量方法
磷酸化蛋白组学定量方法，是通过一系列利用质谱技术，对样本中蛋白质磷酸化修饰的位点、丰度和动态变化进行定量分析的实验策略，从而了解在不同生物学条件（如疾病、药物处理、信号刺激）下，蛋白质磷酸化状态的变化。蛋白质磷酸化是细胞信号转导中最常见、最关键的可逆修饰之一，广泛参与信号转导、细胞周期调控、代谢调节和疾病发生，参与调控几乎所有生理过程，包括代谢、细胞周期、凋亡和免疫反应。异常的磷酸化状态与肿瘤、神经退行性疾病、代谢紊乱等多种疾病密切相关。因此，高灵敏度、可重复的磷酸化蛋白组学定量分析，已成为药物研发和机制研究的核心技术。因为磷酸化肽通常在细胞内丰度极低、容易降解，同时生物样品的背景蛋白量大，如果没有专门的策略，很难捕捉到这些关键信号。所以，科研人员需要结合富集技术与不同的定量模式来准确测量其变化。而磷酸化蛋白组学定量方法，结合了磷酸化肽富集与不同质谱策略，精准测定样本中磷酸化位点的丰度变化，有助于科研人员解析信号网络、疾病机制及药物作用。
一、磷酸化蛋白组学定量方法的原理与优缺点
磷酸化蛋白组学常用的定量方法可分为无标记（Label-free）与标记（Label-based）两大类，每类又包含不同技术路线。
1、 无标记定量（Label-free Quantification, LFQ）
（1）原理：通过质谱检测到的肽段信号强度（峰面积）或谱图计数比较不同样本间的丰度。
（2）优点：实验流程简单，成本低，样本数量不受限制；易于整合临床队列数据。
（3）局限性：需要严格的质控和批次校正，数据重复性受样品复杂度影响较大。
2、代谢标记（SILAC, Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture）
（1）原理：在细胞培养基中加入稳定同位素标记氨基酸，在代谢过程中将标记引入蛋白，实现内源性同位素对照。
（2）优点：样本间误差小，适合细胞模型研究动态磷酸化调控。
（3）局限性：仅限于可培养细胞，无法用于临床组织或体液；实验周期长。
3、化学标记（TMT/iTRAQ）
（1）原理：对蛋白酶解肽段进行化学修饰并加上同位素标签，一次可并行分析多达18个样本。
（2）优点：高通量、多样本比较方便，灵敏度和重复性好。
（3）局限性：磷酸化肽丰度低，易出现比值压缩，需要优化富集和MS方法（如MS³）。
4、绝对定量（AQUA/PRM）
（1）原理：合成同位素标记的标准肽作为内标，通过PRM或SRM测定目标肽的绝对浓度。
（2）优点：灵敏度高、可溯源，适合药物PK/PD研究或临床生物标志物验证。
（3）局限性：成本较高，适合验证性研究而非大规模筛查。
二、磷酸化蛋白组学定量方法选择建议
1、探索性大规模筛查：推荐LFQ-DIA或TMT，覆盖度高。
2、细胞信号通路研究：SILAC适合动态定量。
3、多中心临床样本或药物开发：PRM/AQUA可提供绝对定量。
磷酸化蛋白组学定量不再是少数实验室才能开展的技术。通过合理选择策略、结合高性能质谱平台，科研人员能够快速解析信号网络、发现疾病标志物，推动药物研发。百泰派克生物科技结合多平台质谱和自主优化的磷酸化富集与分析流程，可根据项目需求定制最优策略，为科研和企业客户提供从探索到验证的一站式磷酸化蛋白组学服务, 为科研院所和制药企业提供高灵敏度、可重复、可溯源的磷酸化蛋白组学解决方案，助力您的项目从数据到发现加速落地。如果您对我们的服务感兴趣，请随时与我们联系。
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