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• • 代谢组「自下而上」说法辨析：小分子直接检测与蛋白组 bottom‑up 有何不同？

  厘清蛋白组 bottom-up（酶切肽段推断蛋白）与代谢小分子 LC-MS/MS 直接表征的差异；说明非靶向/靶向范式与话术混用带来的沟通陷阱，并提供代谢组学相关入口服务。

• • LC-MS/MS 样品分析指南：小分子到超大蛋白、前处理与联用要点

  概述 LC-MS/MS 在分离、电离与串联碎裂中的作用，说明溶液进样、m/z 跨度与靶向/发现策略差异，及 QqQ、高分辨与 Nano-LC 联用的取舍；对齐蛋白质组学相关服务链路。

• • 标记质谱与蛋白质定量：体内/体外同位素标记与 Label-free 如何选

  标记质谱在样品层引入稳定同位素或同重标签以便 LC-MS/MS 读出多样品相对丰度；对比 SILAC、iTRAQ/TMT、二甲基化等体外标记与 Label-free、DIA/SWATH 的适用场景与取舍。

• • 组蛋白甲基化修饰差异鉴定：方法、流程与结果解读

  组蛋白甲基化修饰差异鉴定可检测不同样本中组蛋白 Lys/Arg 位点及单、双、三甲基化水平变化。本文比较 LC-MS/MS、ChIP、Western blot 和蛋白芯片等方法，说明样品制备、位点定位、定量分析、适用场景和验证策略。

• • GST Pull-down 结合质谱分析蛋白互作：原理、流程与结果解读

  GST Pull-down 结合 LC-MS/MS 可用于验证已知蛋白互作或筛选未知互作蛋白。本文说明 GST 融合蛋白 Pull-down 的原理、实验流程、质谱鉴定、阴性对照、假阳性控制、结果解读和后续验证策略。

• • Glu-C 谷氨酸蛋白酶在蛋白质质谱分析中的作用与酶切策略

  Glu-C 谷氨酸蛋白酶可在蛋白质质谱分析中按谷氨酸或天冬氨酸残基进行酶切，常用于补充 Trypsin、Lys-C 等蛋白酶覆盖不足的问题。本文说明 Glu-C 的酶切特异性、多酶切策略、LC-MS/MS 应用、结果解读和适用场景。

• • 免疫质谱是什么？原理、应用场景与质量控制要点

  免疫质谱将 IP/Co-IP 与 LC-MS/MS 联用鉴定蛋白复合物与相互作用候选；说明流程、Western 对照与 SILAC、轻链等非特异干扰。

• • SDS-PAGE 鉴定目的蛋白：条带含义、分子量判读与质谱衔接

  SDS-PAGE 可按表观分子量分离蛋白并评估条带模式；常与 Western 或胶条/胶点质谱联用确认目的蛋白。说明原理、局限与凝胶到 LC-MS/MS 衔接。

• • 二级质谱图多肽鉴定：MS/MS 谱图如何解析肽段序列与修饰？

  二级质谱图多肽鉴定通过选择肽段母离子并进行二次碎裂，利用 b/y 离子、碎片质量和数据库或 de novo 分析解析多肽序列、结构和翻译后修饰。

• • 蛋白动态磷酸化修饰分析：原理、流程与磷酸化位点解读

  蛋白动态磷酸化修饰分析通过磷酸化肽段富集、LC-MS/MS 和定量蛋白组学比较不同时间、处理或疾病状态下的磷酸化位点变化。本文说明磷酸化修饰的生物学意义、实验流程、定量策略、位点定位和结果验证。