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• • 甲基化蛋白质检测怎么用质谱做得准：位点分型、定量思路与常见问题

  蛋白质甲基化质谱检测依赖酶切肽段质量移位与多级碎裂确定位点，并可与翻译后修饰定量蛋白组策略结合；本文概述流程、常见问答与局限。

• • 蛋白质质谱测序：酶切与 LC-MS/MS 怎么拼序列，和 Edman、从头测序各管哪一段

  由质谱酶切与串联质谱肽段碎片谱出发，结合数据库或从头拼接推导蛋白序列；说明与 Edman、从头测序的常见分工，以及样品纯度与酶切覆盖对结果的影响。

• • 宏蛋白质测序与宏蛋白组学：环境样品的质谱序列策略与常见问题

  宏蛋白质（环境蛋白）测序通过 nanoLC‑MS/MS 与自上而下/自下而上路线获得肽段与蛋白序列信息；本文概述概念边界、工作流程、FAQ 与选型注意事项。

• • 植物代谢组学研究：初生/次生代谢、取样策略与 LC-MS 分析要点

  概述植物初生与次生代谢、器官与时间取样、LC-MS/MS 非靶向与靶向选择及多酚基质挑战；链向植物代谢组学与通用代谢平台服务。

• • 转录组与代谢组联合分析：设计要点、通路整合与生物学解释框架

  综述转录组与代谢组联合分析的逻辑：配对与批次控制、通路层整合策略、因果关系表述边界及相关多组学服务入口。

• • iTRAQ 蛋白组学：标记原理、8-plex流程与和同位素/TMT的差异

  概述 iTRAQ 同重肽段体外标记多重定量原理、工作流程、比值压缩与同策略（TMT SILAC LF DIA）对比，并外链定量蛋白组与相关服务页。

• • 对多肽的检测是自上而下还是自下而上？怎么选更合适

  自上而下与自下而上在多肽场景的选用：分子量纯度、基质复杂度与测序/修饰目标；串联多肽鉴定、测序、纯度、肽组学与 top-down 服务外链。

• • IP 与 Co-IP 有何区别？实验目的、流程差异与质谱衔接

  对比 IP（免疫沉淀）与 Co-IP（免疫共沉淀）的科学问题与流程侧重点，并与 WB、IP-MS/Co-IP-MS、SILAC 等衔接，提醒常见对照与误读陷阱。

• • 串联质谱鉴定蛋白质：MS/MS 如何从肽段碎片确认蛋白身份？

  串联质谱鉴定蛋白质通过酶解肽段、LC-MS/MS 采集、碎片离子匹配和数据库检索确认蛋白身份。说明蛋白串联质谱分析原理、适用样品、结果解读、优势限制和方法选择。

• • IP 质谱（IP-MS）是什么？流程、定量可能与结果解读要点

  IP-MS：免疫沉淀富集后以 LC-MS/MS 鉴定互作候选，并可在 SILAC/Label-free 等策略下推断特异富集；说明对照、bottom-up、局限与GST pull-down 异同。