蛋白分析FAQ汇总

• • 已知蛋白质序列时如何预测蛋白质结构？

  蛋白质结构预测，从蛋白质一级结构预测其折叠、二级、三级和四级蛋白质结构。目前常用的蛋白质结构预测方法有同源建模和折叠识别两种。同源建模通过已知同源或来自同一家族的蛋白质的结构来预测蛋白质的结构。折叠识别首先总结已知的蛋白质折叠方法作为目标蛋白质折叠的模板，然后根据数据库预测匹配的目标蛋白质折

• • Edman 降解测序能否确定含有 130 种氨基酸以上的未知蛋白质？

  130个氨基酸序列比较长，已经超过了Edman蛋白质测序的限度。建议使用蛋白质从头测序来确定蛋白质序列。蛋白质从头测序不需要使用任何蛋白质数据库，可以对任何蛋白质进行测序，包括突变、生物工程非天然蛋白质等。相关服务:基于Edman降解的蛋白N端序列分析

• • Nano LC-MS 用于蛋白质鉴定的优势是什么？

  Nano LC-MS 在蛋白质鉴定方面比 MALDI-TOF MS 更灵敏有两个主要原因。首先，由于肽的质量和每个肽的两个系列片段都存在，即使消化物中低至一个肽也可以鉴定蛋白质。相比之下，基于 MALDI-TOF 的蛋白质鉴定只能确定肽的质量；因此，它需要检测大量的肽才能实现高可信度的蛋白

• • 对于蛋白质鉴定，我们需要在运行 SDS PAGE 之前浓缩样品吗？

  这取决于如果蛋白质样品的浓度约为 100 fmole/μl，则每条泳道上样 10μl 应该会产生每条泳道大约 1pmol 的蛋白质。大于1 pmol 的蛋白质条带可以通过几种类型的染色剂（考马斯胶体、Zn、Cu 等）可视化，并且在这种凝胶条带中鉴定蛋白质对我们来说通常不是很难。然而，通常情况

• • 如何在凝胶上样前浓缩蛋白质样品？

  传统的蛋白质浓缩方法，如膜透析、TCA 沉淀和膜过滤，由于样品损失百分比大，通常不适用于微量纯化过程。干燥蛋白质样品会导致高浓度的盐和任何其他化学物质可能干扰凝胶电泳。根据我们的经验，我们建议一种简单而快速的方法，该方法将蛋白质结合到一些装在微柱中的反相珠子上，洗涤以去除盐分，并在上样到凝

• • 凝胶电泳应该使用什么类型的凝胶？

  许多类型的聚丙烯酰胺凝胶都与 MS 分析兼容，包括传统的 Tris-Glycine 凝胶，或许多品牌的市售预制凝胶，例如 Novax NuPAGE Bis-Tris 和 Tris-Acetate 凝胶。对于蛋白质鉴定，我们没有观察到凝胶或梯度凝胶的不同百分比或凝胶厚度不同导致的任何显著影响。

• • 应该使用哪种凝胶染色方法？

  凝胶可以通过许多不同的方法进行染色，包括考马斯亮蓝染色、胶体考马斯染色、铜染色、锌染色、荧光染料染色和银染色。传统的银染色与质谱分析不兼容，但一些改进的银染色程序消除了基于戊二醛的敏化剂的使用，声称与质谱分析更兼容。有几种市售的银染试剂盒都声称与 质谱兼容。然而，根据我们的经验，“质谱兼容”

• • 我在已鉴定蛋白质的结果列表中看到了很多角蛋白，它们来自哪里？

  角蛋白和抗菌肽类等污染物通常来自人为污染，主要在样品制备、染色或切割过程中所致。它们可能来自空气、皮肤或衣服。除了实验中使用的生物分类数据库外，我们还定期搜索已知污染物的列表，并在已鉴定蛋白质的最终结果列表中突出显示它们。相关服务:蛋白质鉴定

• • 肽检测限是多少？在典型的蛋白质组学分析中可以检测到多少种蛋白质？

  没有一个通用的数字可回答这个问题。可检测蛋白质的数量取决于样品的复杂性、蛋白质浓度的动态范围、可用材料和使用的 LC-MS 仪器等因素。单次质谱运行中可检测的蛋白质范围可以从几个蛋白质到几百或上千个不等。 当前最先进的质谱仪的一般检测极限在亚飞摩尔（sub-femtomol）和阿托摩尔（at

• • 是否可以区分质量小数区域不同的修饰？

  是的，使用当前的高质量高准确度质谱仪，可以轻松区分在较小质量范围内不同的修饰，例如乙酰化修饰和三甲基化修饰，它们的质量仅相差0.04 Da。相关服务:蛋白质翻译后修饰