蛋白分析FAQ汇总

• • 您导入的FASTA文件可以与与诱饵FASTA（反转）连接吗？

  是的。完全可以，从包含匹配标记诱饵序列的完整FASTA开始，因为它可以让让人深入了解目标集中的假阳性率（FDR）。在这种情况下，FDR 非常低，可强制使用独特的肽段，并且只强制使用每个蛋白质有2个肽段的蛋白质的肽段，并且我在数据集中使用了0.95 PEP（并行事件处理模型），可以支持 1%

• • 您排除重复肽的依据是什么？

  我们仅根据它们是否出现在FASTA文件中的多个FASTA序列中来排除 "重复" 肽。Skyline还具有更复杂的独特肽选择机制，您可以使用背景蛋白质组来选择基因特有的肽（这不是这里使用的）。如果您改为使用删除“重复”肽段，则 Skyline将在文档中保留每个唯一肽段的单个副本，但请确保它仅代

• • 我们看到了数据集之间的差异质量误差变化。是否有可能使用不同的调谐文件收集它们？

  若你在我们在导入的文件中看到了不同的质量误差分布，那么我们将查看所有文件中质量错误的总分布以及每个单独文件中的单个分布。除此之外，我不认为每次运行的差异与仪器的设置更改有关，而只是仪器的差异，可能是由漂移或环境变化引起的。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 除了排除文库中的重复肽段之外，您是否会排除不同蛋白质之间共同的肽段？

  这些是我们术语中的同义词。删除重复肽 = 删除多个蛋白质之间共同的肽段 = 只保留唯一的肽段。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 我们可以导入Spectronaut等任何其他工具内置的光谱库吗？

  是的。Skyline支持通过表格（逗号分隔或制表符分隔）格式导入由其他工具创建的库。我们在为OpenSWATH和 Spectronaut生成的两个库上都取得了成功。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • dDIA(directDIA)与使用计算机内库（in-silico library）相比如何？

  directDIA和in-silico library工作流程都试图解决在没有库的情况下分析DIA运行的问题，但它们的实现方式截然不同。 计算机库基于对整个消化蛋白质数据库的光谱和保留时间的预测，从而产生大型但不是特定于样品的库。 相比之下，directDIA工作流程首先直接在您的DIA运行

• • 与基于库的分析相比，directDIA有多好？

  对于许多用例，directDIA的性能与使用特定于项目的DDA库的性能非常相似，尤其是在处理样本间存在一定差异的大型生物实验时。如果您使用dia-PASEF，则在使用混合 (DDA + DIA) 文库时可能会获得更好的蛋白质组深度。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 是否可以在 directDIA 实验中跨多个样本可视化单个肽（以了解其数量）？

  是的，您可以在所有运行中可视化单个肽及其MS2和MS1 XIC (extracted ion current）。此外，您还可以查看实验中该肽的每个实例在顶点 RT处的单个光谱。 还有几个图表可让您单独或跨运行可视化肽数量。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 如果您使用经验离子淌度(IM) 与您的计算机生成的IM，DIA 分析的结果有何不同？

  我们的计算机 IM值预测提供的性能接近于使用具有经验 IM 值的库。相比之下，使用具有预测IM的库仅比经验IM应用少5个前体。 对于库生成，默认情况下，Spectronaut将尽可能使用经验IM注释，并且仅当您从不包含经验IM的数据创建库时才会预测IM。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 推荐的磷酸化分析工作流程是什么（ directDIA 或基于库的方法）？

  在进行磷酸化分析时，directDIA已被证明较基于文库的方法好。然而，最近的研究也表明，使用混合库（directDIA + DDA）的方法比单独使用directDIA的结果更好。相关服务:DIA定量蛋白质组学