蛋白分析FAQ汇总

• • 质谱图中质荷比（m/z）是什么意思？

  质谱仪并不检测实际分子质量，而是检测其质量 (m) 与其电荷 (z) 之间的比率（m/z）。所有分子的电荷至少为1，因为质谱仪仅检测带电分子。多电荷分子在m/z标度上显示较低。 要从分子的m/z值确定分子的实际质量，必须确定其电荷状态。为此，使用了分子同位素模式，http://www.ion

• • 质谱图中‘MH+’是什么？

  ‘MH+’是单电荷分子的肽质量，可以通过测量的质荷比（m/z）计算得出。‘MH+’由待测分子M的质量加上质子‘H+’的质量组成，质子H+产生正电荷并使质量增加1 Da。因此，检测到的离子质量比不带电分子的单同位素质量高一个单位。相关服务:生物信息学分析

• • 生信分析中检索空间（search space）是什么？

  检索空间（search space）表示所用数据库中每个单独光谱的可能匹配的数量。数据库越大，潜在切割位点和遗漏切割位点的数量越高，搜索空间就越大。则检索到的动态修饰位点的数量也是越大。相关服务:生物信息学分析

• • 生信分析中 GO术语（Gene Ontology term）是什么？

  我们定期执行基因本体（Gene Ontology）分析，以报告已鉴定蛋白质的分子功能、细胞成分、生物过程以及蛋白质家族 (Pfam ID) 的基因本体。相关服务:生物信息学分析

• • 生信分析中序列覆盖率（Sequence coverage）是什么？

  序列覆盖率（（Sequence coverage））是识别蛋白质中氨基酸数量的百分比值。 如果鉴定的肽在1.000个氨基酸长的蛋白质中覆盖200个残基，则序列覆盖率为 20%。序列覆盖率可以从0%到100%不等，通常不会在样品中检测到所有属于蛋白质的肽段。这取决于许多因素，例如蛋白质序列、蛋

• • 为什么有些蛋白质区域（area）用粗体书写而有些不是？

  如果蛋白质区域（area）以粗体书写，则意味着该蛋白质已被一定数量的肽所鉴定，其面积随之被量化。如果蛋白质区域没有以粗体书写，则该蛋白质尚未被搜索引擎直接识别，但已使用称为‘match-between-runs’的方法对其进行量化。相关服务:生物信息学分析

• • 质谱图运行间匹配(MBR)是什么?

  理想情况下，对于每次MS运行，都可提供信息可用于从测量的MS/MS光谱中检索肽序列。然而，有时所提供的可用信息不足以进行肽序列鉴定；测量的MS/MS谱图不足以识别肽序列，或者蛋白质中的肽没有成功片段化。在这种情况下，MBR算法就派上用场了。 它在一次实验（例如对照）中确定已识别肽段（m/z、

• • 您为什么用limma？

  limma是一种统计检验，特别适用于重复次数较少的情况，大多数生物实验都是这种情况。然而，如果每个条件可用的重复次数少于三个，它就无法估计显着性。相关服务:生物信息学分析

• • limma是做什么的，limma是如何运作的？

  limma可以计算丰度差异较大的蛋白质的统计显著性。显然，这要求具备多组可用性较强的重复性实验样品。与传统的t检验不同，limma 使用所有个体蛋白质的方差信息来估计方差和统计显著性。这在重复数量较低的情况下尤其不适用，并不能产生稳健和可靠的结果。相关服务:生物信息学分析

• • 我预计从凝胶上切下的条带中只有一种蛋白质，但结果显示有一百种蛋白质，这种结果怎么来的？

  如果从凝胶中切下一条带，则该条带包含多种蛋白质的可能性不大。这些蛋白质不一定具有相同的大小。一些意想不到的蛋白质可能是降解产物，一些可能携带PTMs。出现的一些蛋白质可能低于所使用的染色方法的检测水平。质谱的检测灵敏度远远超过银染或考马斯亮蓝染色。相关服务:蛋白质鉴定