蛋白分析FAQ汇总

• • 我在已鉴定蛋白质列表中找不到目标蛋白，这是否意味着它不存在于样本中？

  很难证明蛋白质绝对不存在于样品中，而仅仅是没有检测到。未能检测到蛋白质可能是因为质量/浓度低或因为它被丰度更高的蛋白质所掩盖。您的目标蛋白质的肽段也有可能无法被唯一定位，因而使您目标蛋白的密切同源物反而会显示在列表中。相关服务:蛋白质鉴定

• • 我在质谱结果中发现了一些可能的相互作用物（目标蛋白质复合物的潜在组分或目标蛋白的结合体），接下来需要做什么来确认这些蛋白质？

  下一步最好是开展重复性实验，确认我们是否可以重复地确认得到初始结果。需要一式三份（用于实验和控制条件）以获得良好的统计基础并计算倍数变化和相关的p值。为了更好地区分真正的相互作用物和背景蛋白质，这些值可以可视化为火山图进一步分析。相关服务:蛋白质相互作用分析

• • 如何评估数据的质量？

  我们监控 LC 和质谱仪的多个参数，定期校准仪器，在样品运行之前、之后和运行过程中执行质量控制运行，并在样品运行之前、之后和运行过程中另外引入洗脱步骤以避免残留效应。在我们提供的质谱xlsm格式结果文件中，有一个名为“Quality Control”的选项卡，其中显示了几个参数，例如质量偏差

• • 如果我找不到您发送给我的质谱结果文件，该怎么办？

  我们将所有结果文件存储在安全服务器上，我们可以随时访问数据。 因此，如果您再也找不到您的质谱结果，请联系我们，我们将向您发送原始结果文件的另一份副本。相关服务:生物信息学分析

• • 原始数据也可以访问吗？

  我们将所有原始数据文件存储在安全的服务器上，我们可以随时访问。 因此，如果您希望自己拥有原始数据或将其提供给期刊，因为编辑出于透明度的原因要求提供原始数据，请联系我们，我们将向您发送原始原始数据文件的副本。相关服务:生物信息学分析

• • 如何克服蛋白质不同交互属性的问题？

  许多蛋白质是“社会性”的，并且在称为蛋白质复合物的组中相互作用。其他一些合作伙伴相当“非社交”，只有有限的交流（例如信号转导途径），并且仅参与短暂的相互作用（即容易形成和破坏的蛋白质相互作用）。 可以使用交联剂（例如甲醛）的作用将相互作用蛋的白质“粘合”在一起。 例如，您可以在蛋白质提取物中

• • 如何从血液、尿液和组织等生物基质中提取、分离和浓缩极性化合物？

  对于生物基制中极性化合物的提取和分离，建议采用亲水作用色谱(HILIC)方法。相关服务:样品处理

• • 如果设备鉴定出的替代肽对您的蛋白质的特异性不高怎么办？

  在进行任何“wet work”之前，我们总是进行计算机分析并确定各种消化产生的潜在肽的特异性。如果它们符合我们的标准，我们就会针对这些替代肽。如果不能产生合适的替代肽，那么我们将使用替代检测平台。相关服务:蛋白质鉴定

• • 什么是蛋白质推断？

  当针对肽序列数据库搜索MS / MS谱时，在大多数情况下，匹配的肽并不是单个蛋白质所独有的。然而，我们通常想知道样品中存在哪些蛋白质。因此，我们面临着蛋白质推断的挑战：给定一组肽匹配，我们认为样品中存在哪些蛋白质？ 通常的方法基于“简约原则”。我们报告了解释观察到的肽匹配的最小蛋白质集。如果

• • 分析报告中的独特肽（unique peptides）是什么意思？

  ‘unique peptides’反映了由列出的主蛋白所代表的蛋白质组所特有的肽序列的数量。这些肽不存在于任何其他不同组的蛋白质中。主蛋白中包含了所有列出的特异性肽，此蛋白组中的其他蛋白质可能仅包含特异性肽的其中一个子集。相关服务:生物信息学分析