蛋白分析FAQ汇总

• • dDIA(directDIA)与使用计算机内库（in-silico library）相比如何？

  directDIA和in-silico library工作流程都试图解决在没有库的情况下分析DIA运行的问题，但它们的实现方式截然不同。 计算机库基于对整个消化蛋白质数据库的光谱和保留时间的预测，从而产生大型但不是特定于样品的库。 相比之下，directDIA工作流程首先直接在您的DIA运行

• • 与基于库的分析相比，directDIA有多好？

  对于许多用例，directDIA的性能与使用特定于项目的DDA库的性能非常相似，尤其是在处理样本间存在一定差异的大型生物实验时。如果您使用dia-PASEF，则在使用混合 (DDA + DIA) 文库时可能会获得更好的蛋白质组深度。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 是否可以在 directDIA 实验中跨多个样本可视化单个肽（以了解其数量）？

  是的，您可以在所有运行中可视化单个肽及其MS2和MS1 XIC (extracted ion current）。此外，您还可以查看实验中该肽的每个实例在顶点 RT处的单个光谱。 还有几个图表可让您单独或跨运行可视化肽数量。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 如果您使用经验离子淌度(IM) 与您的计算机生成的IM，DIA 分析的结果有何不同？

  我们的计算机 IM值预测提供的性能接近于使用具有经验 IM 值的库。相比之下，使用具有预测IM的库仅比经验IM应用少5个前体。 对于库生成，默认情况下，Spectronaut将尽可能使用经验IM注释，并且仅当您从不包含经验IM的数据创建库时才会预测IM。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 推荐的磷酸化分析工作流程是什么（ directDIA 或基于库的方法）？

  在进行磷酸化分析时，directDIA已被证明较基于文库的方法好。然而，最近的研究也表明，使用混合库（directDIA + DDA）的方法比单独使用directDIA的结果更好。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 在SILAC-DIA 数据分析方面，Spectonaut 是否有改进？

  是的，除了您通常会期待更多和改进的鉴定这一事实外，我们现在还在报告中报告前体和蛋白质组水平的重质和轻质数量。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 到目前为止，您分析了哪些样本/组织类型（仅石蜡包埋组织（FFPE）或速冻组织）？

  迄今为止介绍了细胞培养，但我们正在研究用于单细胞分析的新鲜冷冻组织和用于深层蛋白质组学的 FFPE。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 您是否对不同的细胞类型进行了基准测试？ 比如，它们之间每个细胞的蛋白质含量是否存在差异？

  我们对海拉细胞（HeLa cells）进行了实验，因为它们是现成的标准细胞系。在与细胞生长相对应的整个细胞周期中，原始信号显著增加。 我们还成功地将其他细胞类型用于单细胞蛋白质组学，目前正致力于组织应用以获得细胞类型特异性蛋白质组。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 准确/可靠定量所需的最少细胞数是多少？

  我们的 diaPASEF（ parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition）单细胞测量被开发为完全定量的，并且准确性/可靠性已经过严格的基准测试。 这意味着我们在比较一

• • 如果文库测量中不包含iRT肽，可能发生的最坏情况是什么？

  我们不建议在没有某种形式的保留时间预测的情况下尝试使用mProphet峰值检测。其他指标似乎不足以在全梯度色谱图上表现很好，并且在没有保留时间预测来源可用时，其本身提取过程要慢得多且生成的文件要大许多。这并不意味着您无法通过使用内源性肽作为iRT标志物来预测保留时间。因此，您的库测量不需要包