蛋白分析FAQ汇总

• • 不同物种来源或不同类型的样本做iTRAQ能否一次上机？

  不能，因为不同物种或不同类型样本的蛋白数据库不同，如果混合上机检测的话，就无法选择数据库分析质谱下机数据，数据会相互干扰，导致蛋白定性定量数据不准确。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 用不同的数据库检索同一iTRAQ下机数据时，各组间的比值为何不同？

  由于使用不同数据库检索时肽段的匹配情况可能不同，不同标记物之间的比值可能也不同，导致定量的结果存在些许差异，但是总体的变化趋势应是一致的。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 为什么同一个编号检索出来多个蛋白质？

  因为来源于同一蛋白家族的蛋白质具有较高的同源性，这些同源性很高的蛋白质之间存在保守性较高的序列，当被酶切后可能会产生序列相同的肽段，软件识别到这些相同的肽段后，会将其归于得分最高的那种蛋白质，而其他同源蛋白则不计分，因此这些同源蛋白都采用同一编号。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 可以做蛋白定性分析的样本有哪些？

  各种动植物组织/体液/细胞、微生物样本、蛋白溶液、SDS-PAGE胶条、2DE-PAGE胶点、Pull-down下拉蛋白、IP蛋白样品、WB目标条带等符合送样要求的样本均可进行蛋白质定性鉴定。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 一次蛋白全谱分析能鉴定多少个蛋白质？

  蛋白全谱分析可鉴定的蛋白质数量与物种、样本中蛋白质含量及复杂程度、蛋白组分分离程度、数据库的完整度都有很大的关系。一般情况下，一次全谱分析可以鉴定3000-5000种蛋白；胶条样品可以鉴定几种到几百种蛋白质。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 双向凝胶电泳与质谱联用鉴定蛋白大致过程有哪些？

  首先对凝胶图谱进行差异扫描分析，找到差异蛋白点并切下，然后对蛋白胶点进行脱色、溶解、蛋白提取、酶解消化和质谱检测，再对质谱下机数据进行搜库分析，对差异蛋白进行定性定量鉴定。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 目前可进行蛋白全谱分析的物种有哪些？

  理论上所有的物种均可进行蛋白全谱分析。蛋白全谱分析需要对应物种的蛋白质数据库作为支持，对于已进行全基因组测序的物种来说，进行蛋白全谱分析不是难题，对于缺乏基因组数据库的物种来说，可以用近缘物种或者所在科属的数据库作为支持。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 有9个样品，如何做iTRAQ？

  在一次实验中，iTRAQ可以同时标记4至8个样品，当样品数量超过8时不能在一次实验中用试剂盒同时标记，此时可以进行生物学重复来完成9个样品的标记，不建议用两种试剂盒分别标记。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 为什么肽样品需要在上样柱前进行预处理？制备方法有哪些？

  制备柱更容易被污染，因为相比较分析柱而言处理的样品更多。 因此，需要对样品进行预处理以延长色谱柱的使用时间。 主要有五种方法：过滤、离心、柱前过滤和在线过滤。相关服务:肽纯度分析

• • 蛋白质谱鉴定不成功的原因一般有哪些？

  蛋白含量过低和酶解或质谱操作失误导致的质谱效果不好/缺乏可参考的蛋白数据库。相关服务:蛋白质质谱鉴定