蛋白分析FAQ汇总

• • 需要从评分mProphet模型中排除那些贡献权重很小的参数，以便在总体上没有太多的参数，还是说整体参数在统计上无关紧要？

  删除这些与测量质量预期不符的参数似乎是合乎逻辑的，因为它们可能是由于过度拟合造成的。例如，如果以某种质量误差的系数为正，那么质量误差越大越好这种逻辑是没有意义的。这强烈表明需要仔细查看数据以了解模型的结束方式，并考虑最好能从模型中删除此值。这强烈表明需要仔细查看数据以了解模型如何最终变成这样

• • 您能解释一下过渡峰旁边的绿色和红色按钮是什么意思吗？

  过渡峰旁边的红点表示其色谱图与主峰的流出曲线不够接近，不能被视为峰组的一部分。贡献任何信号的一切谱峰均被视为峰组的一部分，当您在设置菜单下打开“Integrat All”时，只有当过渡峰对总峰面积没有信号贡献时，Skyline将显示一个红点。现阶段所有信号都是谱峰组求和而得，红点则表示出信号

• • 对于 DIA 肽段搜索向导，是否可以使用SkylineCmd从命令行导入所有这些内容？

  是的。SkylineCmd提供了一个.sky文件格式模板的全面支持。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 您如何鉴定翻译后修饰？我需要将不同类型的翻译后修饰输入一个库吗？或者输入skyline内置库吗？

  您需要获取一个包含您所需目标修饰类型的库，或者使用Prosit库来进行预测。但是，Prosit库支持的翻译后修饰（PTMs）类型非常有限。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 您能解释一下使用"Blank Document" 和输入DIA肽段检索的区别吗？

  输入DIA肽段检索将引导您逐步完成所提交的表单。您可以通过选择"Blank Document" ，然后使用设置 > 肽设置和离子对设置、文件 > 导入 FASTA、优化 > 添加诱饵、文件 > 导入 > 结果、优化 > 重新整合，以此来获得所有相同或更多的结果。换句话说，如果您清楚自己想要达

• • 您使用了什么工具来生成xml库从而作为光谱库导入？如果我有一个自定义肽列表，那么构建自定义光谱库的最佳/最简单方法是什么？

  为构建光谱库而导入的pepXML使用Comet进行搜索，并使用Trans Proteomic Pipeline使用 Peptide Prophet进行评分。Skyline网站上有一个页面解释了这种表格格式，该格式可以完全自定义匹配肽和分子与光谱并内置到Skyline光谱库中。相关服务:DIA

• • Skyline是否有任何内置方法可以使色谱图锯齿正常化？您是否建议对iRT肽进行标准化？

  任何出现锯齿状的色谱图都可能由设置问题所导致。除非您的供应商保证其标准中的数量保持不变，通常情况下，我们并不建议将iRT肽的峰面积归一化为“全球标准”。否则，您应该只将它们视为对保留时间进行校准的标志性肽段，而不能保证其定量一致性。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 从谱库搜索中最终可鉴定出多少肽？是mProphet决定了确定的肽的鉴定吗？

  我们没有计算过这个数字，同时此数据库目的不是最大化这个数值。相反，我们只是展示如何使用Skyline软件并依靠该工具比较得出它与其他工具验证后的数据匹配性和可行性。mProphet算法可自动分配q值，并由您来设置您的q值截止值以实现“自信识别”，其中1% FDR是一个较为常见的截止值。我们打

• • 我可以使用iRT肽进行强度归一化吗？

  是否可使用iRT肽进行归一化，这取决于您的试剂供应商是否能保证这些肽的定量一致性。您应该能够使用Skyline工具将iRT归一化到全球标准，但需要推导该归一化是否适合并有利于量化。您可以简单地尝试验证一下，收集10个重复添加到样品基质中的iRT标准品，然后在Skyline中提取标准品谱峰并检

• • 对于非标定量技术（LFQ），DDA技术和DIA技术哪个更好？

  相比较而言数据非依赖性采集模式（Data independent acquisition，DIA）更好，DIA 已被证明因其更高的选择性和重现性因而在数量上更胜一筹，但DIA技术需要完成的工作量更大，才能获得比较好的结果。您选择哪一种取决于您的可用资源和专业知识。相关服务:DIA定量蛋白质组