蛋白分析FAQ汇总

• • 您是否计划实施无iRT的DIA分析？Spectronaut自动使用内源性肽来计算相对保留时间。

  是的。我们现阶段可能还没有那么自动化，未来我们可能会使无iRT的DIA分析更加自动化，同时提供更多关于实现这一目标的教学材料。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 对于mProphet评分，库强度点积（ library intensity dot-product）是什么意思？

  它实际上是库光谱和测量峰面积之间的“归一化光谱对比角”。本质上，它是度量测量的谱峰面积的相对强度与库中的相对强度的匹配程度，其中 1.0 是最好的，0.0 是最差的。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • Skyline 使用什么方法去除重复肽段？这些肽是在两种或多种蛋白质之间所共有的吗？

  是的。当您选择删除“重复”时，您实际上是在选择仅保留目标蛋白质所独有的肽段。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 需要从评分mProphet模型中排除那些贡献权重很小的参数，以便在总体上没有太多的参数，还是说整体参数在统计上无关紧要？

  删除这些与测量质量预期不符的参数似乎是合乎逻辑的，因为它们可能是由于过度拟合造成的。例如，如果以某种质量误差的系数为正，那么质量误差越大越好这种逻辑是没有意义的。这强烈表明需要仔细查看数据以了解模型的结束方式，并考虑最好能从模型中删除此值。这强烈表明需要仔细查看数据以了解模型如何最终变成这样

• • 您能解释一下过渡峰旁边的绿色和红色按钮是什么意思吗？

  过渡峰旁边的红点表示其色谱图与主峰的流出曲线不够接近，不能被视为峰组的一部分。贡献任何信号的一切谱峰均被视为峰组的一部分，当您在设置菜单下打开“Integrat All”时，只有当过渡峰对总峰面积没有信号贡献时，Skyline将显示一个红点。现阶段所有信号都是谱峰组求和而得，红点则表示出信号

• • 对于 DIA 肽段搜索向导，是否可以使用SkylineCmd从命令行导入所有这些内容？

  是的。SkylineCmd提供了一个.sky文件格式模板的全面支持。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 您如何鉴定翻译后修饰？我需要将不同类型的翻译后修饰输入一个库吗？或者输入skyline内置库吗？

  您需要获取一个包含您所需目标修饰类型的库，或者使用Prosit库来进行预测。但是，Prosit库支持的翻译后修饰（PTMs）类型非常有限。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 您能解释一下使用"Blank Document" 和输入DIA肽段检索的区别吗？

  输入DIA肽段检索将引导您逐步完成所提交的表单。您可以通过选择"Blank Document" ，然后使用设置 > 肽设置和离子对设置、文件 > 导入 FASTA、优化 > 添加诱饵、文件 > 导入 > 结果、优化 > 重新整合，以此来获得所有相同或更多的结果。换句话说，如果您清楚自己想要达

• • 您使用了什么工具来生成xml库从而作为光谱库导入？如果我有一个自定义肽列表，那么构建自定义光谱库的最佳/最简单方法是什么？

  为构建光谱库而导入的pepXML使用Comet进行搜索，并使用Trans Proteomic Pipeline使用 Peptide Prophet进行评分。Skyline网站上有一个页面解释了这种表格格式，该格式可以完全自定义匹配肽和分子与光谱并内置到Skyline光谱库中。相关服务:DIA

• • Skyline是否有任何内置方法可以使色谱图锯齿正常化？您是否建议对iRT肽进行标准化？

  任何出现锯齿状的色谱图都可能由设置问题所导致。除非您的供应商保证其标准中的数量保持不变，通常情况下，我们并不建议将iRT肽的峰面积归一化为“全球标准”。否则，您应该只将它们视为对保留时间进行校准的标志性肽段，而不能保证其定量一致性。相关服务:DIA定量蛋白质组学