如何保证蛋白的质谱鉴定质量？

首先，在蛋白质质谱鉴定过程中，Mascot会根据候选肽段的数目和得分来确定一个鉴定阈值，如果肽段和谱图匹配的离子得分低于鉴定阈值就会被过滤掉，只有离子得分大于阈值的肽段会被视为可信肽段；其次，还可以设置某蛋白的特有肽段个数，如设置A蛋白的特有肽段数为2，那么当蛋白A至少含有2个特有肽段时就认为被鉴定到。

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