蛋白分析FAQ汇总

• • 如果您使用经验离子淌度(IM) 与您的计算机生成的IM，DIA 分析的结果有何不同？

  我们的计算机 IM值预测提供的性能接近于使用具有经验 IM 值的库。相比之下，使用具有预测IM的库仅比经验IM应用少5个前体。 对于库生成，默认情况下，Spectronaut将尽可能使用经验IM注释，并且仅当您从不包含经验IM的数据创建库时才会预测IM。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 推荐的磷酸化分析工作流程是什么（ directDIA 或基于库的方法）？

  在进行磷酸化分析时，directDIA已被证明较基于文库的方法好。然而，最近的研究也表明，使用混合库（directDIA + DDA）的方法比单独使用directDIA的结果更好。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 在SILAC-DIA 数据分析方面，Spectonaut 是否有改进？

  是的，除了您通常会期待更多和改进的鉴定这一事实外，我们现在还在报告中报告前体和蛋白质组水平的重质和轻质数量。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 到目前为止，您分析了哪些样本/组织类型（仅石蜡包埋组织（FFPE）或速冻组织）？

  迄今为止介绍了细胞培养，但我们正在研究用于单细胞分析的新鲜冷冻组织和用于深层蛋白质组学的 FFPE。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 您是否对不同的细胞类型进行了基准测试？ 比如，它们之间每个细胞的蛋白质含量是否存在差异？

  我们对海拉细胞（HeLa cells）进行了实验，因为它们是现成的标准细胞系。在与细胞生长相对应的整个细胞周期中，原始信号显著增加。 我们还成功地将其他细胞类型用于单细胞蛋白质组学，目前正致力于组织应用以获得细胞类型特异性蛋白质组。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 准确/可靠定量所需的最少细胞数是多少？

  我们的 diaPASEF（ parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition）单细胞测量被开发为完全定量的，并且准确性/可靠性已经过严格的基准测试。 这意味着我们在比较一

• • 如果文库测量中不包含iRT肽，可能发生的最坏情况是什么？

  我们不建议在没有某种形式的保留时间预测的情况下尝试使用mProphet峰值检测。其他指标似乎不足以在全梯度色谱图上表现很好，并且在没有保留时间预测来源可用时，其本身提取过程要慢得多且生成的文件要大许多。这并不意味着您无法通过使用内源性肽作为iRT标志物来预测保留时间。因此，您的库测量不需要包

• • 您是否计划实施无iRT的DIA分析？Spectronaut自动使用内源性肽来计算相对保留时间。

  是的。我们现阶段可能还没有那么自动化，未来我们可能会使无iRT的DIA分析更加自动化，同时提供更多关于实现这一目标的教学材料。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 对于mProphet评分，库强度点积（ library intensity dot-product）是什么意思？

  它实际上是库光谱和测量峰面积之间的“归一化光谱对比角”。本质上，它是度量测量的谱峰面积的相对强度与库中的相对强度的匹配程度，其中 1.0 是最好的，0.0 是最差的。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • Skyline 使用什么方法去除重复肽段？这些肽是在两种或多种蛋白质之间所共有的吗？

  是的。当您选择删除“重复”时，您实际上是在选择仅保留目标蛋白质所独有的肽段。相关服务:DIA定量蛋白质组学