Nano LC-MS 用于蛋白质鉴定的优势是什么?

    Nano LC-MS 在蛋白质鉴定方面比 MALDI-TOF MS 更灵敏有两个主要原因。首先,由于肽的质量和每个肽的两个系列片段都存在,即使消化物中低至一个肽也可以鉴定蛋白质。相比之下,基于 MALDI-TOF 的蛋白质鉴定只能确定肽的质量;因此,它需要检测大量的肽才能实现高可信度的蛋白质鉴定。其次,在基于 MALDI 的 MS 分析过程中,通常只有很小百分比(通常为 1/1000 到 1/10000)的肽分析物被使用。这两个因素的结合使 LC-MS 技术比基于 MALDI-TOF 的 MS 技术更加灵敏,尽管基于 MALDI -TOF 的蛋白质鉴定的通量比基于 Nano LC-MS 的蛋白质鉴定高数百倍。Nano LC-MS 在蛋白质鉴定中的另一个重要优势是它能够分析非常复杂的混合物,因为样品中的肽在 MS 和 MS/MS 之前通过 HPLC 分离。因此,如果该蛋白质的一个或多个肽在整个 LC 分离过程中没有被其他肽完全掩埋,即使是蛋白质混合物中的一小部分也可以被鉴定出来。相比之下,多肽混合物在 MALDI-TOF 分析过程中没有分离,因此几乎不可能鉴定出蛋白质混合物中的小部分蛋白质,甚至很难判断基于MALDI-TOF 的蛋白质鉴定过程中是否遗漏了某些蛋白质。当用SDS-PAGE代替2D凝胶制备样品时,这一问题变得非常严重,因为在大多数微尺度蛋白纯化过程中,多个蛋白在一个凝胶带内共迁移往往是规律而不是例外。


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