蛋白分析FAQ汇总

• • “自下而上”和“自上而下”蛋白质组学有什么区别？

  质谱分析蛋白质，例如在 HDX 实验中，可以使用两种不同的方法进行：“自下而上”和“自上而下”蛋白质组学。在自下而上的实验中，蛋白质被特定蛋白酶（例如胰蛋白酶）消化成肽段，肽段通过液相色谱分离，然后在质谱仪上分析。然后将收集到的所有肽段的信息与已知的氨基酸序列进行比对，从而提供目标蛋白质的高

• •  到目前为止，还没有为质谱工作跑 SDS-PAGE。跑凝胶时应该采取哪些预防措施以获得最佳结果？

  我们的建议有以下几个方面； a) 清洁整个凝胶运行装置，在所有步骤中使用新手套，并在整个过程中保持表面清洁！！！ b) 使用新鲜制备的缓冲液，染色剂不要重复使用。 c) 将样品加到凝胶上时，样品要与任何其他对照（如全细胞裂解物等，如果有的话）隔离，以避免交叉污染。最好在单独的凝胶中跑样品，与

• • 提供物种信息有多重要？

  物种信息是自下而上蛋白质组学工作流程的核心，用于识别目标蛋白质。因此，如果您知道物种/属/有机体，请在服务申请表上提供信息。如果您知道但由于保密问题而无法共享此信息，我们将在 Swissprot 数据库中对您的结果进行一般搜索，并为您提供蛋白质列表。如果您知道您的蛋白质来自未注释的生物体，请

• • 可以寄银染凝胶吗？

  我们更喜欢考马斯染色凝胶，但接受用质谱兼容的银染料染色的凝胶。通过我们之前的经验，银染凝胶通常不会比考马斯染色凝胶获得更好的结果。这可能归因于由于过程中使用的显影剂（例如甲醛和戊二醛等）引起的蛋白质内和蛋白质与凝胶的交联。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 我对蛋白质的翻译后修饰很感兴趣。我可以通过质谱获得我的蛋白质的完整序列覆盖吗？

  大多数蛋白质很难完全覆盖。这取决于良好消化蛋白质的能力，可能受到蛋白质折叠、蛋白酶切位点和样品复杂性的影响。丰度、纯度、蛋白质序列、疏水性和抑制消化的蛋白质修饰（如糖基化）等都会影响覆盖率。使用不同的酶和使用多种策略分析蛋白质将增加覆盖率。相关服务:翻译后修饰蛋白组分析

• • 一次完整的分析需要多少蛋白质？

  通常，完整的分析需要 10 皮摩尔的 picomole/ul 的浓度。它在很大程度上取决于蛋白质的纯度、样品的复杂性（即存在的不同蛋白质的数量）和蛋白质的分子量。为了使完整的蛋白质分析成功，蛋白质样品不能含有任何聚合物或去污剂（即使含量极低），并且通常样品在制备过程中的任何时候都不能接触去污

• • 哪些染色剂（考马斯蓝除外）与质谱法兼容？

  负染色技术（如锌染色）与质谱法兼容。许多荧光染料也与质谱相容相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 氨基酸分析——样品在液体溶液中可以吗？

  不可以，请在运输前冷冻干燥以确保最大稳定性。相关服务:氨基酸组成分析

• • 氨基酸分析——需要多少蛋白质？

  我们的 HPLC 检测限为每次进样 500 pmole。因样品处理限制，所以需要 nmoles 的目标肽。对于蛋白质，需要这个量的 10-100 倍。相关服务:氨基酸组成分析

• • 氨基酸分析——准备样品时应避免什么？

  样品的纯度至关重要。这实质上意味着需要 100% 的蛋白质纯度才能获得准确的结果。10% 的蛋白质污染就会破坏您的最终结果。蛋白质、氨基酸、缓冲液和盐的污染会干扰分析。必须去除含有伯胺和仲胺的缓冲液，例如甘氨酸、Tris、HEPES 和甘油。这些物质可以通过乙醇沉淀、三氯乙酸沉淀、反相萃取、