“自下而上”和“自上而下”蛋白质组学有什么区别？

质谱分析蛋白质，例如在 HDX 实验中，可以使用两种不同的方法进行：“自下而上”和“自上而下”蛋白质组学。在自下而上的实验中，蛋白质被特定蛋白酶（例如胰蛋白酶）消化成肽段，肽段通过液相色谱分离，然后在质谱仪上分析。然后将收集到的所有肽段的信息与已知的氨基酸序列进行比对，从而提供目标蛋白质的高分辨率（通常是氨基酸分辨率）表征。自上而下的蛋白质组学不需要事先对靶蛋白进行蛋白水解裂解；而是，蛋白质在质谱仪中被碎片化。尽管可以测量的蛋白质的大小有限制，但自上而下的蛋白质组学具有能够识别单个蛋白质上独特的蛋白质形式和翻译后修饰 (PTMs) 的好处。本公司成员还完善了一种混合方法，称为“中下”蛋白质组学，该方法使用有限的蛋白水解与自上而下的蛋白质组学相结合，来表征对于传统的“自上而下”蛋白质组学而言通常太大的蛋白质或蛋白质复合物.



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