蛋白分析FAQ汇总

• • 什么数据库用于蛋白质谱鉴定搜索？数据库是否定期更新？

  我们的默认数据库是UniProt。通常对于注释不良的蛋白质组，我们搜索Uniprot的部分，即SwissProt和Trembl。在两次搜索之后，将具有由至少一种唯一肽支持的每个ID的非冗余蛋白质列表提交给用户。这两个数据库每月更新一次。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 什么是错误发现率（FDR）？

  FDR已成为结果报告中强制性的内容。FDR本质上是一种统计和计算方法，用于确定给定数据集中蛋白质识别的确定性。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 规划和设计一个好的蛋白质组学实验的最重要方面有哪些？

  1、有效的数据分析；2、适当选择样品和质控品；3、稳健的样品制备方法。成功进行实验非常重要的一点是，必须选择正确的样品来回答所提出的问题，以强有力的方式制备和分析这些样品，以便收集与生物学问题相关的数据（并且与实验误差或变异无关），并能够正确分析这些数据。如果你不能分析数据，那么设计和执行一

• • 与无凝胶方法相比，凝胶电泳（DiGE）的优势是什么？

  可以检测完整蛋白质修饰的变化。凝胶电泳（DiGE）与无凝胶方法的区别在于，定量是在整个蛋白质上进行的，因此蛋白质翻译后修饰的变化（前提是它以足够的量改变蛋白质的质量或pI）可以被视为点位置的“移动”。在基于凝胶的方法中，由于蛋白质被消化成肽，修饰的变化只能通过对修饰肽的偶然鉴定或通过富集携带

• • 通过无凝胶LC-MS/MS方法增加总蛋白质组渗透的好方法是？

  使用两种正交色谱法。在不需要更多样品的情况下，增加覆盖率的一个好方法是使用多种色谱模式，其中肽由两种不同性质分离。这有效地将肽“扩散”到更大的区域，因此可以看到更多。对特定肽类型的富集可能会减少样品中的总肽，但只能看到选定的蛋白质。与蛋白质消化物的分析相比，全蛋白质的分析目前缺乏灵敏度，并且

• • 如果定量蛋白质组学实验包含大量样本，那么选择哪一种方法比较好？

  Label free无标记定量最合适。SILAC和iTRAQ的样本数量而言，有限的性质以及它们定量的比率性质意味着这些方法需要将所有样本与内部参考进行比较，从而在实验中引入额外的测量误差。对于iTRAQ，由于定量发生在MS/MS光谱中，因此，所有样品中唯一可定量的蛋白质将是所有分析中鉴定的蛋

• • 等压标签是什么意思？

  等压标签就是指相同压力或质量的分子。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT，SILAC

• • 临床样品中的蛋白质可以用哪种稳定同位素标记法？

  SILAC和18O水都是肽的稳定同位素标记物，但对于临床样品，只能使用18O水。SILAC标记要求样品加入含有重同位素的氨基酸的营养物，因此这主要用于标记活细胞。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT，SILAC

• • 如果需要一个复杂的样品制备工作流程来从培养细胞中富集特定的蛋白质群体，那么合适的定量方法是什么？

  SILAC标记定量。虽然可以使用众多定量方法中的每一种，但在本例中，该方法是在培养的细胞上进行的，则SILAC将是选择的方法。在DiGE和无标签定量方法中，样品需要并行处理，由于复杂制备流程中的每个步骤都会引入一些技术变化，因此需要仔细评估并将其最小化，以使整个实验成功。此外，如果实验的目的

• • SRM技术主要用于分析什么？

  比较特定蛋白质的水平。选择性反应监测是一种非常灵敏的质谱检测和定量特定肽的方法，这意味着仅分析已知肽，即它是一种靶向方法。在这种情况下，它不适用于数百种蛋白质的比较，也不适用于发现“未知”蛋白或多肽，如凝胶带中的蛋白质（除非实验问题集中，即我的凝胶带是否包含蛋白质X？）或确定未知性质的翻译后