蛋白分析FAQ汇总

• • 蛋白质印迹中的内参蛋白是否可用于表明Shotgun蛋白质组学中没有样品制备偏倚？

  在免疫印迹实验中，常常使用内参蛋白来验证样品制备的重复性，并显示折叠变化是生物变异的结果。从这个角度来看，可以假设上述结构内参蛋白的水平对于目的样品是相同的。另一方面，最近总蛋白标准化是检验这一假设的更可靠方法，而不是内参标准化。有几种方法可以在质量规格的鸟枪蛋白质组学中进行绝对和相对定量，

• • 分析蛋白质组学数据-如何根据其功能选择蛋白质？

  将蛋白质组学数据进行生物学信息分析，如GO功能注释及富集分析、KEGG通路注释及富集分析等。相关服务:蛋白质组学数据质量评估

• • 如何量化蛋白质组结果中蛋白质A相对于蛋白质B的样本内相对数量？

  对重肽进行SRM分析以获取每个肽的绝对数量。相关服务:定量蛋白组分析

• • 什么样的蛋白质或肽结构很难用质谱仪检测？

  富含二硫化物的肽、淀粉样蛋白以及不含有带电残留物（主要是正电荷）的疏水区域（如跨膜区域）很难用MS进行分析。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 如何将细胞内念珠菌蛋白从Nanosep（蛋白浓缩器）转移到胰蛋白酶消化，然后进行Maldi Tof MS分析？

  将其进行甘氨酸SDS-PAGE电泳，然后将目标蛋白条带切割下来并用胰蛋白酶消化。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 质谱分析前是仅使用胰蛋白酶来消化蛋白质，还是可以使用其他蛋白水解酶？

  如果要将样品“溶液中消化”，可以使用测序级蛋白水解酶的任何一种或组合。对于“凝胶内消化”，可使用的蛋白水解酶变得稍微有限。需要注意的是，许多高分子量酶对凝胶内消化的效率不如胰蛋白酶和糜蛋白酶。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 蛋白质样品中有洗涤剂，有没有办法去除它？

  最简单最便宜的方法是使用沉淀技术，如TCA和丙酮沉淀。这些方法的缺点是，一旦沉淀，一些蛋白质很难重悬于选择的缓冲液中。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 将蛋白质复合物放在盐浓度非常高的缓冲液中，再加上5%的甘油。该缓冲液是否与质谱兼容？

  盐和甘油与质谱不相容。如果样品含有盐或甘油，我可以使用C18离心柱对样品进行脱盐。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 可以使用自制的考马斯亮蓝试剂进行胶条染色吗？

  可以，但乙酸和甲醇的存在可以改变蛋白质的性质。我们建议使用市售的考马斯蓝色染色剂，因为它们不含溶剂，比传统染色更敏感。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 蛋白质质谱鉴定中，常使用什么搜索引擎？

  我们使用Mascot进行蛋白质鉴定。蛋白质推断、分组和FDR（错误发现率）估计在蛋白质组发现器和支架中执行。相关服务:蛋白质质谱鉴定