蛋白分析FAQ汇总

• • 为什么增加NaCl等会降低蛋白与阳离子交换树脂的结合强度？

  增加离子强度有利于洗脱蛋白质，Na+ 在溶液中与赖氨酸残基竞争磺酸盐，从而使蛋白与树脂的结合能力减弱。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 反相色谱法在什么基础上分离蛋白样品？

  基于疏水性、溶液中非极性成分粘附或分配到色谱固定相上的油性涂层中的趋势来分离不同的蛋白组分。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）

• • 离子强度是否会对在100%水性缓冲液中进行的反相色谱分离产生主要影响？

  与蛋白质（溶质/分析物）本身的疏水/亲水性质相比，离子强度将仅略微改变反相系统中的保留特性。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）

• • 不同时期用Label free分析的多组蛋白质样品可否一起进行统计分析？

  只要适当地规范化数据可以一同进行统计分析。大多数最新的蛋白质组学搜索工具（例如，MaxQuant，Fragpipe，适当地规范化数据，您的统计测试将是有效的。大多数最新的蛋白质组学搜索工具（例如，MaxQuant，Fragpipe，ProteomeDiscoverer）将校正质量和保留时间漂

• • 对多组织提取的蛋白质进行WB时，条带不均衡归一化是什么原因？

  可能是由于移液错误，或者蛋白质从凝胶孔中浸出。相关服务:蛋白质免疫印迹和电转移服务

• • 哪种无标记蛋白质组学方法最适合细胞外囊泡的定量蛋白质组学分析？DDA还是DIA？

  这在很大程度上取决于想要获取的实验效果。DIA具有更好的再现性和更高的数据完整性，但是在定量方面，DIA的灵敏度低于DDA，因为必须扫描完整的光谱，从而减少每个数据点的采集时间。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 不能确定蛋白质样品中是否含有去硫生物素对质谱有影响吗？

  如果不能确定样品中也含有去硫生物素肽，但以正确的方式进行LC-MS分析和下游数据分析，应该没有太大的影响。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 如何降低蛋白质组学分析中唾液样品的粘度，并使样品粘稠均匀？

  可以用缓冲液稀释唾液以降低粘度，或者你可以使用FASP来制备蛋白质样品。相关服务:蛋白质组学分析

• • 如何获取蛋白质组学鉴定到的蛋白质ID的GO注释？

  1、使用STRING工具，输入蛋白ID的fasta文件并选择蛋白质样品对应物种的数据库，即可以获取蛋白质-蛋白质相互作用网络和大量信息（请查看下载部分）；2、使用BLASTKOALA工具，输入蛋白的fasta文件，即可获得蛋白ID的GO注释。相关服务:GO功能注释及富集分析

• • 可以使用哪种统计检验来分析LC-MS/MS-蛋白质组学数据是否为异常值？

  排除单个数据点的标准通常为95%（或98%）置信度，即其超过其他队列样本的标准偏差。大多数LC-MS/MS研究的问题是，标准偏差太大（因为n太低），几乎所有结果都在95%置信范围内。PCA分析仅仅是提示队列之间的最大差异。在给定的置信水平下，它很少在统计学上有效，并且总是需要有针对性的实验跟