蛋白分析FAQ汇总

• • 如何对考马斯亮蓝染色的凝胶进行脱色然后进行质谱分析？

  1、用50%ACN覆盖凝胶，用于洗涤考马斯蓝，然后搅拌5分钟；2、去除上清液；3、覆盖 100% ACN，然后搅拌 10 分钟； 4、去除上清液；5、在56℃的烘箱中干燥几分钟，以除去ACN。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 是否有可能从蛋白质组学数据中检测特定的氨基酸序列？

  如果你在数据库搜索中找到了你的蛋白质，你可以检查的是MS数据的序列覆盖率，看看是否只有发生切割的地方的覆盖率。如果您的切割蛋白可以在切割位点产生特定的肽，可能您可以使用SRM，前提是可以检测到这种小肽（如果在数据库搜索中检测到，则更好）。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 哪些质谱技术可以分析福尔马林固定的石蜡包埋组织？

  基本所有的质谱技术都可以分析FFPE样品，只是需要蛋白提取和纯化步骤。相关服务:石蜡包埋样品蛋白质组学

• • 在DIGE中，如何将来自不同样品的相同蛋白质分离开来进行MS分析？

  既然是相同的蛋白质为什么要进行分离呢，蛋白质样品量更多更有利于质谱鉴定。如果一定要分开，那么可以单独对一个样品进行DIGE电泳。相关服务:二维凝胶电泳服务

• • 过度使用胰蛋白酶对蛋白质组学的消化有影响吗?

  如果以较高的浓度使用胰蛋白酶，它会倾向于在任何位点切割多肽（对于任何其他蛋白酶都是一样的）。因此，胰蛋白酶消化分析变得更加困难。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 质谱分析为什么有时会受到聚乙二醇(PEG)的污染？

  四分之三的膜过滤器（0.2或0.45μm，用于过滤HPLC样品）在LCMS中会产生PEG和脂肪酸酰胺。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 什么是标签蛋白？

  免疫沉淀的一个固有缺点是产生适用于单一已知蛋白质的抗体很难。为了克服这一缺点，研究小组经常设计专注于目标蛋白 C 端或 N 端的标签。标签位于主要肽序列中，该肽序列结合在蛋白质中的。标签的例子包括绿色荧光蛋白、谷胱甘肽 S 转移酶和 Flag 标签。标签用于附着蛋白质的各种用途。 谷胱甘肽-

• • MS-IP 是如何进行的？

  MS-IP 或质谱与共免疫沉淀相结合是识别在 Co-IP 中分离的相互作用伙伴的直接方法。该实验通过质谱分析来自 Co-IP 的洗脱样品，并使用生物信息学软件分析生成的 MS 数据以鉴定蛋白质。除了鉴定之外，IP-MS 还有助于在对照样品和处理样品之间对靶蛋白以及脱靶蛋白产生倍数富集。为了成

• • GST-pull down 与 Co-immunoprecipitation 有何不同？

  免疫共沉淀用于免疫沉淀天然状态的蛋白质，保持复合物状态的蛋白质代表其天然状态。然而，Co-IP 不能排除复合物中存在的蛋白质是直接相互作用还是通过第三种蛋白质相互作用来的。反之，GST 下拉试验是一种体外检查蛋白质-蛋白质相互作用的方法。在 GST-pull down 分析中，谷胱甘肽-S-

• • 色谱法如何帮助简化细胞内容物的分析？

  细胞内容物的分析是一个非常具有挑战性的问题——通常需要各种分馏，如离心分离细胞器、盐析蛋白质、透析以去除盐和小分子等。这可能会将问题的规模缩小到10到数百种丰富的化学物质。色谱法（HPLC在其许多实施例中的一种）可以将其减少十倍或以上。相关服务:蛋白质质谱鉴定