蛋白分析FAQ汇总

• • 经Maxquant分析后的质谱数据是否可以使用ProteomeDiscoverer进行翻译后修饰分析？

  当质谱数据已经通过MaxQuant分析时，不可能再使用ProteomeDiscoverer进行搜索，因为该程序使用机器原始文件进行分析。MaxQuant有一个包含PTM的选项，并提供有关其位置的信息。可以使用Perseus处理MaxQuant文件，进行PTM分析。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 除了RP-HLPC之外，还有哪些其他方法可以纯化肽？

  疏水相互作用高效液相色谱（HILIC）以及柱层析等。相关服务:肽纯度分析

• • 对冷冻的原代细胞进行亚细胞分馏后会影响质谱分析吗？

  如果细胞在PBS中被快速冷冻，则分馏它们几乎没有损失，也不会对质谱鉴定造成影响。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 热病毒灭活处理是否会导致血浆中细胞因子的分解从而影响质谱分析？

  可能存在不同程度的蛋白质活性损失，包括细胞因子。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 通过LC-MS/MS对蛋白质下拉样品进行蛋白质组学分析是否需要生物学重复？

  对于任何统计数据，都至少需要3个生物5次重复是最好的，以防1-2个不可用。鉴于MS技术已经升级，技术重复不是必需的。但是“pull-down”可以捕获非特异性蛋白，拥有的重复（生物）越多，真阳性和信号就越强，实验结果也就越准确。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 是否可以使用冻干血浆进行蛋白组学分析？

  可以，冻干除了能富集还有稳定性优势。相关服务:蛋白质组学分析

• • 对悬浮细胞进行蛋白质组学需要去除死细胞吗？

  不需要去除细胞悬浮液中的死细胞。因为分析结果应显示细胞培养的真实情况。而细胞培养物总是含有死细胞。相关服务:蛋白质组学分析

• • 为什么我们应该从SDS-聚丙烯酰胺凝胶中制备蛋白质样品用于质谱分析？

  这是一种在大规模生产之前降低样本复杂度的方法。通常比单独的Shotgun方法提供更大的覆盖深度和更多的ID。可以将其视为类似于离子交换分馏，即对每个馏分单独运行MS/MS，然后在最后合并数据以获得该样本的总体光谱信息。在这种情况下，你不是通过电荷来分离蛋白质或肽，而是通过相对质量来分离它们相

• • 为什么iTRAQ定量同一肽的重复之间有很大的偏差（峰丰度）？

  等压标记因共洗脱而遭受很大影响。没有良好的分馏很可能是变异性的重要来源。但是，可能还有其他问题-标记效率或运行之间的差异（如果您的样品多于标记）、色谱柱问题、样品制备问题和蛋白质定量等。相关服务:TMT/iTRAQ/MultiNotch定量蛋白组学分析

• • 为什么iTRAQ分析一些肽存在于一组重复中，而在另一组重复中不存在？

  无论重复的类型如何，质谱仪都很难选择所有相同的肽前体离子，因为它们提供的样品很复杂。因此，并不总是会为MS/MS选择所有相同的肽，因此不会在所有运行/重复中鉴定。相关服务:TMT/iTRAQ/MultiNotch定量蛋白组学分析