蛋白分析FAQ汇总

• • LC分离得到的蛋白质SDS凝胶电泳得到一条带，但进行LC-MS鉴定却检出两种MW的蛋白质？

  可能蛋白质制备确实不是“纯”的，因为样品中似乎（至少）有两种变体。SDS技术没有足够的分辨率来分离分子量相近的蛋白质。事实上，一些翻译后修饰（PTM）可以由质谱测定出不同分子质量：除了二硫键引起的质量差异之外，N-末端谷氨酰胺残基可以转化为pyroGlu，或者可能发生天冬酰胺脱酰胺和蛋氨酸氧

• • 哪种方法适合比较两个蛋白样品？

  可以选择Shotgun蛋白质组学来估计蛋白质的相对丰度。相关服务:Shotgun鸟枪法蛋白质鉴定

• • 哪种质谱技术适合分析蛋白质氨基酸组成？

  GC-MS对蛋白质分析几乎没有或根本没有效用，因为蛋白质不易挥发。LC-MS是有用的，但其特异性低于通常需要的特异性。CE-MS通常比LC-MS具有更大的特异性，但CE-MS历来比LC-MS使用起来更麻烦。最好的选择是LC-MS/ MS相关服务:氨基酸组成分析

• • 如何对考马斯亮蓝染色的凝胶进行脱色然后进行质谱分析？

  1、用50%ACN覆盖凝胶，用于洗涤考马斯蓝，然后搅拌5分钟；2、去除上清液；3、覆盖 100% ACN，然后搅拌 10 分钟； 4、去除上清液；5、在56℃的烘箱中干燥几分钟，以除去ACN。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 是否有可能从蛋白质组学数据中检测特定的氨基酸序列？

  如果你在数据库搜索中找到了你的蛋白质，你可以检查的是MS数据的序列覆盖率，看看是否只有发生切割的地方的覆盖率。如果您的切割蛋白可以在切割位点产生特定的肽，可能您可以使用SRM，前提是可以检测到这种小肽（如果在数据库搜索中检测到，则更好）。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 哪些质谱技术可以分析福尔马林固定的石蜡包埋组织？

  基本所有的质谱技术都可以分析FFPE样品，只是需要蛋白提取和纯化步骤。相关服务:石蜡包埋样品蛋白质组学

• • 在DIGE中，如何将来自不同样品的相同蛋白质分离开来进行MS分析？

  既然是相同的蛋白质为什么要进行分离呢，蛋白质样品量更多更有利于质谱鉴定。如果一定要分开，那么可以单独对一个样品进行DIGE电泳。相关服务:二维凝胶电泳服务

• • 过度使用胰蛋白酶对蛋白质组学的消化有影响吗?

  如果以较高的浓度使用胰蛋白酶，它会倾向于在任何位点切割多肽（对于任何其他蛋白酶都是一样的）。因此，胰蛋白酶消化分析变得更加困难。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 质谱分析为什么有时会受到聚乙二醇(PEG)的污染？

  四分之三的膜过滤器（0.2或0.45μm，用于过滤HPLC样品）在LCMS中会产生PEG和脂肪酸酰胺。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 什么是标签蛋白？

  免疫沉淀的一个固有缺点是产生适用于单一已知蛋白质的抗体很难。为了克服这一缺点，研究小组经常设计专注于目标蛋白 C 端或 N 端的标签。标签位于主要肽序列中，该肽序列结合在蛋白质中的。标签的例子包括绿色荧光蛋白、谷胱甘肽 S 转移酶和 Flag 标签。标签用于附着蛋白质的各种用途。 谷胱甘肽-