蛋白分析FAQ汇总

• • 质谱分析前是仅使用胰蛋白酶来消化蛋白质，还是可以使用其他蛋白水解酶？

  如果要将样品“溶液中消化”，可以使用测序级蛋白水解酶的任何一种或组合。对于“凝胶内消化”，可使用的蛋白水解酶变得稍微有限。需要注意的是，许多高分子量酶对凝胶内消化的效率不如胰蛋白酶和糜蛋白酶。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 蛋白质样品中有洗涤剂，有没有办法去除它？

  最简单最便宜的方法是使用沉淀技术，如TCA和丙酮沉淀。这些方法的缺点是，一旦沉淀，一些蛋白质很难重悬于选择的缓冲液中。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 将蛋白质复合物放在盐浓度非常高的缓冲液中，再加上5%的甘油。该缓冲液是否与质谱兼容？

  盐和甘油与质谱不相容。如果样品含有盐或甘油，我可以使用C18离心柱对样品进行脱盐。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 可以使用自制的考马斯亮蓝试剂进行胶条染色吗？

  可以，但乙酸和甲醇的存在可以改变蛋白质的性质。我们建议使用市售的考马斯蓝色染色剂，因为它们不含溶剂，比传统染色更敏感。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 蛋白质质谱鉴定中，常使用什么搜索引擎？

  我们使用Mascot进行蛋白质鉴定。蛋白质推断、分组和FDR（错误发现率）估计在蛋白质组发现器和支架中执行。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 什么数据库用于蛋白质谱鉴定搜索？数据库是否定期更新？

  我们的默认数据库是UniProt。通常对于注释不良的蛋白质组，我们搜索Uniprot的部分，即SwissProt和Trembl。在两次搜索之后，将具有由至少一种唯一肽支持的每个ID的非冗余蛋白质列表提交给用户。这两个数据库每月更新一次。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 什么是错误发现率（FDR）？

  FDR已成为结果报告中强制性的内容。FDR本质上是一种统计和计算方法，用于确定给定数据集中蛋白质识别的确定性。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 规划和设计一个好的蛋白质组学实验的最重要方面有哪些？

  1、有效的数据分析；2、适当选择样品和质控品；3、稳健的样品制备方法。成功进行实验非常重要的一点是，必须选择正确的样品来回答所提出的问题，以强有力的方式制备和分析这些样品，以便收集与生物学问题相关的数据（并且与实验误差或变异无关），并能够正确分析这些数据。如果你不能分析数据，那么设计和执行一

• • 与无凝胶方法相比，凝胶电泳（DiGE）的优势是什么？

  可以检测完整蛋白质修饰的变化。凝胶电泳（DiGE）与无凝胶方法的区别在于，定量是在整个蛋白质上进行的，因此蛋白质翻译后修饰的变化（前提是它以足够的量改变蛋白质的质量或pI）可以被视为点位置的“移动”。在基于凝胶的方法中，由于蛋白质被消化成肽，修饰的变化只能通过对修饰肽的偶然鉴定或通过富集携带

• • 通过无凝胶LC-MS/MS方法增加总蛋白质组渗透的好方法是？

  使用两种正交色谱法。在不需要更多样品的情况下，增加覆盖率的一个好方法是使用多种色谱模式，其中肽由两种不同性质分离。这有效地将肽“扩散”到更大的区域，因此可以看到更多。对特定肽类型的富集可能会减少样品中的总肽，但只能看到选定的蛋白质。与蛋白质消化物的分析相比，全蛋白质的分析目前缺乏灵敏度，并且