LC分离得到的蛋白质SDS凝胶电泳得到一条带，但进行LC-MS鉴定却检出两种MW的蛋白质？

可能蛋白质制备确实不是“纯”的，因为样品中似乎（至少）有两种变体。SDS技术没有足够的分辨率来分离分子量相近的蛋白质。事实上，一些翻译后修饰（PTM）可以由质谱测定出不同分子质量：除了二硫键引起的质量差异之外，N-末端谷氨酰胺残基可以转化为pyroGlu，或者可能发生天冬酰胺脱酰胺和蛋氨酸氧化等修饰。如果想进一步了解原因，建议进行蛋白水解肽图LC-MS/MS实验以确认氨基酸序列（并确保没有形成序列变体）并映射任何已发生的PTM，因为这些PTM仅在执行完整LC-MS时显示为累积的质量差。

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