蛋白分析FAQ汇总

• • 如果感兴趣蛋白分子量大于180kD，是否需要改变转印条件？

  转印条件及缓冲液在不同的实验中存在差异，需根据具体实验内容对其进行优化调整，当蛋白分子量超过180kDa时，使用20%的MeOH，并添加 0.05%的SDS，在转印时间上尝试1A转印1小时。相关服务:蛋白质免疫印迹和电转移服务

• • 2D WB和1D WB一样有效吗？

  当然，而且2D效果更好，因为聚集在1D带中的蛋白质通过等电聚焦在2DE中进一步扩散。2D WB非常敏感且信息丰富。相关服务:蛋白质免疫印迹和电转移服务

• • 2D WB凝胶最多能承载多少蛋白样品？

  一般来说，对于复杂样品，如SF凝胶上的细胞裂解物，考马斯蓝或Sypro ruby染色的最大负荷为200μg，银染的最大负载为50μg。考马斯蓝和银染的复杂样品（如细胞裂解物）的蛋白质浓度应分别为5mg/ml和1mg/ml，因为可装载的最大体积为50μl。对于LF凝胶，考马斯蓝和Sypro r

• • 如何识别2D WB凝胶上的感兴趣蛋白？

  蛋白质鉴定通常采用质谱法（LC-MS/MS）。考马斯蓝染色凝胶上的任何多肽斑点，无论多么微弱，都可以通过质谱鉴定。银染凝胶上的蛋白质也可以识别。相关服务:蛋白质免疫印迹和电转移服务

• • 想对蛋白质进行脱糖基化并通过LC-MS对其进行分析，如何化学地对细胞的蛋白质组进行去糖基化？

  N-链糖基化可通过用N糖苷酶F处理来去除。相关服务:糖组学分析服务

• • 为什么SDS-PAGE检测到的蛋白Shotgun蛋白质组学没有鉴定到？

  可能是由于某些蛋白组分的丰度较低，因此质谱未坚定到。此外，还可以考虑对蛋白质组进行溶液内消化（跳过SDS-PAGE电泳），并通过LC-MS分析所得的肽混合物。相关服务:Shotgun鸟枪法蛋白质鉴定

• • 哪种类型的高分辨质谱最适合蛋白质组学研究？

  总的来说，四级杆TOF质谱和Orbitraps质谱比MALDI-TOFs的分辨率更高。质谱仪的分辨率固然重要，但蛋白样品的质量也是影响实验结果的重要原因，如蛋白的成功提取和富集、一致的蛋白水解消化、充分分离产生的肽以最大限度地减少共洗脱等。相关服务:蛋白质组学分析

• • 2D-DIGE和液相色谱法谁更适合研究生物体蛋白质组的变化？

  这一问题没有统一的答案，因为不同的方法适用性不同。要根据实际情况进行选择。比如你预计蛋白质水平（数量和水平）会发生什么样的变化？由于DiGE提供了样品的可视化并使用了内部标准，因此使用此方法可能更容易识别（小）变化。当然后续仍需要切除感兴趣的点来识别相应的蛋白质。其次你有多少材料可供分析？D

• • SILAC与iTRAQ谁更适合用于定量分析酵母蛋白质组？

  二者各有优势，也有缺点，应根据实验侧重点进行选择。SILAC的优势：1、将差异标记的蛋白质合并并加工在一起，最大限度地减少由于处理错误引起的偏倚；2、氨基酸修饰介质不影响细胞的代谢过程；3、定量很简单，因为预先知道肽与其较重版本之间的预期质量差；4、在SILAC培养基中培养5-6代后，体内标

• • 是否可以使用冻干血浆进行“组学”分析？

  当然可以，冻干样品稳定性强，易于储存和运输，也具有一定的富集作用。相关服务:组学分析