MS-IP 是如何进行的？

MS-IP 或质谱与共免疫沉淀相结合是识别在 Co-IP 中分离的相互作用伙伴的直接方法。该实验通过质谱分析来自 Co-IP 的洗脱样品，并使用生物信息学软件分析生成的 MS 数据以鉴定蛋白质。除了鉴定之外，IP-MS 还有助于在对照样品和处理样品之间对靶蛋白以及脱靶蛋白产生倍数富集。为了成功进行 IP-MS 分析，需要使用两种截然不同的抗体。一种抗体对感兴趣的目标蛋白具有特异性，而第二种抗体通常用于检测与目标无关的众所周知的丰富蛋白用作实验的对照。之后，将质谱法检测到的蛋白质绘制成关于这两种IP蛋白质的图表。在此分析中，蛋白质分为三组；1.背景蛋白-与特定抗体或珠子结合的蛋白出现在这部分。他们通常停留在图表的中间。2.阴性对照蛋白-与阴性对照抗体相互作用的蛋白质沿图表的 x 轴作图，它们不与针对目标蛋白的抗体反应。阳性对照蛋白-对目标抗体特异的蛋白质沿 y 轴作图，它们是试验中沉淀的目标蛋白的相互作用伙伴。 一旦数据产生相互作用的蛋白质，它们就会被进一步分析以进行富集研究。然而，IP-MS 方法存在一定的局限性。通常，一些旨在捕获目标蛋白的抗体无法在其自然确认中结合目标蛋白。虽然其他检测技术能够这种情况下识别目标蛋白，但是 MS-IP 无法识别这种情况下的蛋白质。



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• 蛋白质相互作用分析