蛋白分析FAQ汇总

• • 对悬浮细胞进行蛋白质组学需要去除死细胞吗？

  不需要去除细胞悬浮液中的死细胞。因为分析结果应显示细胞培养的真实情况。而细胞培养物总是含有死细胞。相关服务:蛋白质组学分析

• • 为什么我们应该从SDS-聚丙烯酰胺凝胶中制备蛋白质样品用于质谱分析？

  这是一种在大规模生产之前降低样本复杂度的方法。通常比单独的Shotgun方法提供更大的覆盖深度和更多的ID。可以将其视为类似于离子交换分馏，即对每个馏分单独运行MS/MS，然后在最后合并数据以获得该样本的总体光谱信息。在这种情况下，你不是通过电荷来分离蛋白质或肽，而是通过相对质量来分离它们相

• • 为什么iTRAQ定量同一肽的重复之间有很大的偏差（峰丰度）？

  等压标记因共洗脱而遭受很大影响。没有良好的分馏很可能是变异性的重要来源。但是，可能还有其他问题-标记效率或运行之间的差异（如果您的样品多于标记）、色谱柱问题、样品制备问题和蛋白质定量等。相关服务:TMT/iTRAQ/MultiNotch定量蛋白组学分析

• • 为什么iTRAQ分析一些肽存在于一组重复中，而在另一组重复中不存在？

  无论重复的类型如何，质谱仪都很难选择所有相同的肽前体离子，因为它们提供的样品很复杂。因此，并不总是会为MS/MS选择所有相同的肽，因此不会在所有运行/重复中鉴定。相关服务:TMT/iTRAQ/MultiNotch定量蛋白组学分析

• • LC分离得到的蛋白质SDS凝胶电泳得到一条带，但进行LC-MS鉴定却检出两种MW的蛋白质？

  可能蛋白质制备确实不是“纯”的，因为样品中似乎（至少）有两种变体。SDS技术没有足够的分辨率来分离分子量相近的蛋白质。事实上，一些翻译后修饰（PTM）可以由质谱测定出不同分子质量：除了二硫键引起的质量差异之外，N-末端谷氨酰胺残基可以转化为pyroGlu，或者可能发生天冬酰胺脱酰胺和蛋氨酸氧

• • 哪种方法适合比较两个蛋白样品？

  可以选择Shotgun蛋白质组学来估计蛋白质的相对丰度。相关服务:Shotgun鸟枪法蛋白质鉴定

• • 哪种质谱技术适合分析蛋白质氨基酸组成？

  GC-MS对蛋白质分析几乎没有或根本没有效用，因为蛋白质不易挥发。LC-MS是有用的，但其特异性低于通常需要的特异性。CE-MS通常比LC-MS具有更大的特异性，但CE-MS历来比LC-MS使用起来更麻烦。最好的选择是LC-MS/ MS相关服务:氨基酸组成分析

• • 如何对考马斯亮蓝染色的凝胶进行脱色然后进行质谱分析？

  1、用50%ACN覆盖凝胶，用于洗涤考马斯蓝，然后搅拌5分钟；2、去除上清液；3、覆盖 100% ACN，然后搅拌 10 分钟； 4、去除上清液；5、在56℃的烘箱中干燥几分钟，以除去ACN。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 是否有可能从蛋白质组学数据中检测特定的氨基酸序列？

  如果你在数据库搜索中找到了你的蛋白质，你可以检查的是MS数据的序列覆盖率，看看是否只有发生切割的地方的覆盖率。如果您的切割蛋白可以在切割位点产生特定的肽，可能您可以使用SRM，前提是可以检测到这种小肽（如果在数据库搜索中检测到，则更好）。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 哪些质谱技术可以分析福尔马林固定的石蜡包埋组织？

  基本所有的质谱技术都可以分析FFPE样品，只是需要蛋白提取和纯化步骤。相关服务:石蜡包埋样品蛋白质组学