蛋白分析FAQ汇总
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可以选择Shotgun蛋白质组学来估计蛋白质的相对丰度。相关服务:Shotgun鸟枪法蛋白质鉴定
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GC-MS对蛋白质分析几乎没有或根本没有效用，因为蛋白质不易挥发。LC-MS是有用的，但其特异性低于通常需要的特异性。CE-MS通常比LC-MS具有更大的特异性，但CE-MS历来比LC-MS使用起来更麻烦。最好的选择是LC-MS/ MS相关服务:氨基酸组成分析
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1、用50%ACN覆盖凝胶，用于洗涤考马斯蓝，然后搅拌5分钟；2、去除上清液；3、覆盖 100% ACN，然后搅拌 10 分钟； 4、去除上清液；5、在56℃的烘箱中干燥几分钟，以除去ACN。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定
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如果你在数据库搜索中找到了你的蛋白质，你可以检查的是MS数据的序列覆盖率，看看是否只有发生切割的地方的覆盖率。如果您的切割蛋白可以在切割位点产生特定的肽，可能您可以使用SRM，前提是可以检测到这种小肽（如果在数据库搜索中检测到，则更好）。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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基本所有的质谱技术都可以分析FFPE样品，只是需要蛋白提取和纯化步骤。相关服务:石蜡包埋样品蛋白质组学
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• 在DIGE中，如何将来自不同样品的相同蛋白质分离开来进行MS分析？
既然是相同的蛋白质为什么要进行分离呢，蛋白质样品量更多更有利于质谱鉴定。如果一定要分开，那么可以单独对一个样品进行DIGE电泳。相关服务:二维凝胶电泳服务
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如果以较高的浓度使用胰蛋白酶，它会倾向于在任何位点切割多肽（对于任何其他蛋白酶都是一样的）。因此，胰蛋白酶消化分析变得更加困难。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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四分之三的膜过滤器（0.2或0.45μm，用于过滤HPLC样品）在LCMS中会产生PEG和脂肪酸酰胺。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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免疫沉淀的一个固有缺点是产生适用于单一已知蛋白质的抗体很难。为了克服这一缺点，研究小组经常设计专注于目标蛋白 C 端或 N 端的标签。标签位于主要肽序列中，该肽序列结合在蛋白质中的。标签的例子包括绿色荧光蛋白、谷胱甘肽 S 转移酶和 Flag 标签。标签用于附着蛋白质的各种用途。 谷胱甘肽-
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MS-IP 或质谱与共免疫沉淀相结合是识别在 Co-IP 中分离的相互作用伙伴的直接方法。该实验通过质谱分析来自 Co-IP 的洗脱样品，并使用生物信息学软件分析生成的 MS 数据以鉴定蛋白质。除了鉴定之外，IP-MS 还有助于在对照样品和处理样品之间对靶蛋白以及脱靶蛋白产生倍数富集。为了成
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