蛋白分析FAQ汇总

• • 你们使用什么类型的软件？

  我们的 LC-MS 蛋白质鉴定服务包含的默认分析是 Mascot。我们还可以通过 ProteomeDiscoverer 和 MaxQuant 分析数据。相关服务:蛋白分析

• • 应该选择非标记定量还是基于同位素标记的定量？

  这个问题没有万全的答案。通常，非标记定量可用于任意数量的样品，有时可以更深入地覆盖蛋白质组。然而，这更多地取决于仪器条件，因此所有用于定量分析的样品都应按顺序运行。基于同位素标记的定量（包括 SILAC 或 iTRAQ 或 TMT 等基于报告的技术）所需的仪器时间要少得多，并且由于样品同时运

• • 蛋白质序列数据库

  Uniprot：https ://www.uniprot.org/； NCBI 蛋白质：https ://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/相关服务:组学分析

• • 蛋白质翻译后修饰

  Unimod：http://www.unimod.org/modifications_list.php？； PhosphoSitePlus：https ://www.phosphosite.org/homeAction； dbPTM：http ://dbptm.mbc.nctu.edu.tw

• • 使用（SCX）HPLC柱分馏之前是否需要对样品进行脱盐处理？

  当使用阳离子交换剂时，样品（肽/蛋白质）在微酸性pH条件下上样，缓冲液应具有低离子强度（例如20mM磷酸盐缓冲液）。因此，有必要对肽进行脱盐，以使其对阳离子交换基质进行最佳吸附/结合。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）

• • 对于进行自上而下蛋白质组学的人来说，在制备完整蛋白质分析物时，可靠的挥发性缓冲液是什么？

  蛋白质化学中使用的2种最常见的挥发性缓冲液是碳酸氢铵和乙酸铵。相关服务:基于Top down自上而下蛋白质组学

• • 2D-DIGE可以分析那些样品？

  可以从中分离出蛋白质的任何样品都可以进行分析。这包括可以分析的所有生物和临床样品，例如血液，血清，血浆，组织，培养细胞，培养基，肿瘤活检和激光显微解剖样品。所有动物、植物、线虫、微生物、昆虫和鱼类样品也可以进行分析。相关服务:二维凝胶电泳服务

• • 什么类型的缓冲液最适合2D-DIGE实验？

  2D-DIGE过程非常敏感，使用不适当的缓冲系统可能会影响实验的标记效率、再现性和准确性。基本上任何可以容纳上游实验得缓冲液都可以。相关服务:二维凝胶电泳服务

• • 2D-DIGE凝胶上可电泳的最大样品数是多少？

  一个2D-DIGE上最多可以运行多达三个样本。两个样品用Cy3和Cy5标记，第三个样品用Cy2标记。相关服务:二维凝胶电泳服务

• • 电泳2D-DIGE凝胶所需的蛋白质量是多少？

  推荐用于2D-DIGE实验的单个总蛋白质样品的最小量为30μg。但是建议每个样品至少提供100μg。相关服务:二维凝胶电泳服务