蛋白分析FAQ汇总

• • 为什么有些蛋白质没有被检测到？

  请记住，基于质谱的蛋白质组学不会检测您样品中的所有蛋白质。蛋白质会因为多种原因而逃脱检测，仅举几例：如果它们太少；如果他们不能用所用的蛋白酶产生合适的肽；如果它们只生成具有不良质谱响应因子的肽；如果它们只产生我们在数据分析中未涵盖的携带 PTM 的肽。因此，如果未检测到某蛋白质，并不意味着您

• • 我想要最好的结果——我如何将我的样品提交给你们？

  我们越来越多地尝试避免通过 SDS-PAGE 分离蛋白质。相反，我们更愿意在样品制备过程的最早阶段收到样品。如果您进行了 co-IP 实验，请将与珠子结合的蛋白质留下，然后将珠子给我们；如果您想要对您的细胞进行全面的蛋白质组覆盖，只需在 PBS 中进行最后一次广泛洗涤后将细胞沉淀给我们；如果

• • 你们的工作人员会从我的 SDS-PAGE 凝胶上切下一条蛋白质条带吗？

  是的，我们希望您提供考马斯染色凝胶，并让我们切您的泳道或条带。我们经验丰富的员工了解避免样品（角蛋白）污染的所有技巧和窍门。此外，了解凝胶的样子对于估计蛋白质总量也很重要。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 我可以从自己的凝胶上切下条带，然后给你们一片凝胶吗？

  是的，您可以。但是，我们更希望您提交完整的凝胶并在凝胶扫描上标记需要切割的条带。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 我有一个银染凝胶，能用它进行质谱分析吗？

  是的，您可以，但请注意，我们会从考马斯染色凝胶中鉴定出更多的蛋白质，即使银染凝胶上似乎有更多条带。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 你们的实验室使用什么类型的质谱仪？

  我们有一个 Orbitrap Lumos、一个 Orbitrap Fusion、一个 Q Exactive PLus 和两个 LTQ-Orbitrap XL 质谱仪（其中一个采用 ETD 技术），它们全都连接有nanoflow LC 系统（Agilent、Eksigent 和 Waters

• • 你们可以检测什么样的翻译后修饰？

  可检测任何翻译后修饰：磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等。详情请联系我们。相关服务:翻译后修饰蛋白组分析

• • 分析蛋白质中的 PTMs 关注的是什么？

  您将有两个主要关注点： 1) 覆盖率：质谱技术能否提供高的序列覆盖率？覆盖率越高，检测和鉴定含有修饰基团的肽的统计机会就越大。2）修饰位点的占有率（化学计量）：蛋白质制剂的修饰百分比是多少？如果它很低，那么检测到修饰肽的机会就会降低。如果占有率很高，那么这有利于识别修饰位点。相关服务:翻译后

• • 如何增加磷酸化、甲基化、泛素化等位点的覆盖率？（我知道高覆盖率对于增加确定 PTM 位点的机会至关重要）

  首先，请注意，由于独特的序列，每种蛋白质都有不同的潜力以高序列覆盖率被绘制。增加所有蛋白质的覆盖率：1) 从更大量的蛋白质开始进行质谱分析；2) 确保蛋白质是纯的；3) 使用多种质谱仪器/技术进行分析将增加覆盖率；4) 使用 TiO2 富集磷酸肽。相关服务:翻译后修饰蛋白组分析

• • 糖基化位点会抑制蛋白质的鉴定吗？

  如果蛋白质的纯度和浓度很高，那么在大多数情况下，基于 质谱的蛋白质鉴定仍然是有利的。然而，连接的碳水化合物 (CHO) 链会通过以下机制削弱特定肽段的基于质谱的鉴定：1) CHO 链可以阻断胰蛋白酶切割；2) 连接的 CHO 链的可变质量会降低糖肽检测。建议：在凝胶上样和质谱分析之前，用 N