蛋白分析FAQ汇总

• • 应该使用什么缓冲液？

  HEPES、PBS、Tris 和碳酸氢铵等常见缓冲液均可用于鸟枪法分析。水和有机溶剂如甲醇和乙腈也是可以接受的。对于天然完整蛋白质分析，请使用挥发性缓冲液，如醋酸铵、碳酸氢铵或甲酸铵。相关服务:蛋白分析

• • 在样品制备过程中可以使用洗涤剂吗？设施可以去除洗涤剂吗？

  几乎所有用于生物学应用的洗涤剂都与质谱不兼容。包括 Triton、Tween、NP-40 和 Brij。收费情况下，我们可以从样品中去除一些低浓度的常见洗涤剂。但是，我们会完全拒绝含有某些洗涤剂的样品。如果您正在寻找一种与质谱兼容的洗涤剂，您可以查看 Waters RapiGest 或脱氧胆

• • RIPA 缓冲液或 Laemmli SDS 缓冲液可以吗？

  Laemmli 缓冲液是绝对不能接受的。如果您使用 RIPA 缓冲区，则需要执行清除步骤并将相应收费。相关服务:蛋白分析

• • 你们能做交联分析吗？

  可以，具体取决于交联其特异性和您的系统的复杂性。一般来说，我们不支持大型系统上的非靶向/非特定交联。相关服务:交联法蛋白相互作用分析

• • 你们是否为定量进行等压标记？

  是的，我们可以使用 iTRAQ 或 TMT 等压标签进行相对定量。请事先咨询我们以讨论样品要求、试剂成本等。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT，SILAC

• • 如何提交自定义数据库用于搜索？有额外费用吗？

  当您提交希望我们搜索自定义数据库的样品时，请告诉我们。如果是特定的生物菌株，请给我们特定的分类单元标识符。如果是一个独特的序列（例如具有一组点突变或一个标签的蛋白质），请将您的数据库以 FASTA 格式通过电子邮件发送给我们。首次提交自定义数据库时需要支付额外费用。相关服务:组学分析

• • 如何提交自定义 PTM 或化学衍生物用于搜索？有额外费用吗？

  当您提交您正在寻找特殊修饰的样品时，请告诉我们。如果它不在我们的数据库中，第一次添加它需要付费。请通过电子邮件向我们发送预期质量、确切的化学式以及可以被修饰的氨基酸。相关服务:组学分析

• • 你们使用什么类型的软件？

  我们的 LC-MS 蛋白质鉴定服务包含的默认分析是 Mascot。我们还可以通过 ProteomeDiscoverer 和 MaxQuant 分析数据。相关服务:蛋白分析

• • 应该选择非标记定量还是基于同位素标记的定量？

  这个问题没有万全的答案。通常，非标记定量可用于任意数量的样品，有时可以更深入地覆盖蛋白质组。然而，这更多地取决于仪器条件，因此所有用于定量分析的样品都应按顺序运行。基于同位素标记的定量（包括 SILAC 或 iTRAQ 或 TMT 等基于报告的技术）所需的仪器时间要少得多，并且由于样品同时运

• • 蛋白质序列数据库

  Uniprot：https ://www.uniprot.org/； NCBI 蛋白质：https ://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/相关服务:组学分析