生信分析FAQ汇总

• • 完成待测物鉴定后，怎么去把它归属到不同的种类呢?即怎么批量查询这些代谢物属于什么种类？

  在完成待测物鉴定后，将其归属到不同的种类（如脂类、氨基酸、糖类等）是代谢组学数据分析的重要步骤。为了实现批量查询，可以结合代谢物分类数据库和自动化工具来高效完成。以下是推荐的步骤和方法：

• • 在样品保存方面，请问粪便和肠内容物在-80°可以保存多久呢?我的样品放了一个月是不是最好不用了呀？

  粪便和肠内容物在-80°C可保存较长时间，其适用性取决于实验目标。微生物DNA通常稳定，可保存6个月至1年，RNA则较易降解；代谢物在1个月内较为稳定，但脂质和挥发性物质可能变化；蛋白质和酶活性建议1个月内使用。如果样品保存一个月且未反复冻融，通常仍可用于微生物DNA提取或代谢物分析，建议检

• • 粪便和肠内容物在-80°C能保存多久？存放一个月的样品还能用来分离菌群吗？

  粪便和肠内容物在-80°C下可保存6个月至1年，使用保护剂（如甘油或DMSO）可延长活菌存活时间。存放一个月的样品通常可用于菌群分离，但未加保护剂时，低温敏感菌（如厌氧菌）存活率可能降低。建议添加保护剂并尽快培养目标菌群以确保分离成功率。

• • 生物信息学中如何批量获得多个物种所有已知序列蛋白的UniProtID?

  生物信息学在生物学研究、疾病治疗等方面都发挥着巨大的作用。一个主要的应用就是获取和分析序列蛋白数据，有时候我们可能需要从不同物种获取大量的蛋白序列，这时候就需要使用到UniProt数据库。对于如何批量获得多个物种的所有已知序列蛋白的UniProtID，可以按照以下步骤操作：

• • 请问GC-MS同一物质在不同保留时间出现了该怎么处理呀？

  在GC-MS实验中，如果同一物质在不同保留时间出现，可能是由于样品含有异构体或降解产物、气相色谱柱老化或污染、仪器流速或压力不稳定、温度程序设置不合理、或数据处理不当所致。针对这些问题，可通过检查样品化学性质、清洗或更换色谱柱、校准仪器流速与压力、优化温度程序，以及仔细检查质谱数据等方式进行

• • 可以提供一份详细的proteome discoverer软件的安装教程和使用教程吗？

  Proteome Discoverer 是Thermo Fisher Scientific公司推出的用于质谱数据分析的专业软件，广泛应用于蛋白质组学研究，特别是在定量分析、蛋白质鉴定、后处理分析等方面。以下是详细的安装和使用教程。

• • 请问蛋白之间不同作用模式在string哪里才能看到呀?

  在STRING数据库中，蛋白质之间的不同作用模式可以通过“蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络”视图查看。用户可以输入感兴趣的蛋白质名称，查看与之相关的相互作用类型，如实验验证的相互作用、预测的相互作用和共表达关系等。STRING提供了多种过滤器，帮助用户筛选不同类型的相互作用，并可以查看蛋

• • 非靶结果中差异代谢物VIP>1和P<0.05的有一堆，请问怎么挑选有意义的啊？

  在非靶向代谢组学结果中，差异代谢物数量多、且符合VIP > 1 和 P < 0.05筛选条件时，可以通过以下步骤挑选具有生物学意义的代谢物：

• • 怎样预测序列已知，结构未知蛋白质的可能抗原表位？

  为预测序列已知但结构未知蛋白质的抗原表位，可采用基于序列的预测方法（如BepiPred、NetMHC等）及基于结构的预测方法（如SWISS-MODEL、Phyre2等同源建模工具）。结合序列和结构信息的工具（如IEDB）进一步提升预测准确性。最终，需通过ELISA、Co-IP等实验验证预测结

• • 请问检测动物组织中某样品的含量可以用质谱吗？组织应该怎么处理呢？

  质谱（MS）可以用于检测动物组织中某样品（如蛋白质、脂质、代谢物等）的含量。质谱的优点在于其高灵敏度、高选择性和能够同时检测复杂样品中的多个成分。使用质谱检测动物组织样品时，需要对组织进行适当的前处理，以便提取出目标分子并去除可能干扰分析的杂质。