二级分类是统计出所有基因的GO号然后去重，去重后再重新对应每个分类的基因数量吗

在处理基因功能注释数据时，Gene Ontology（GO）分析是一种常见的方法。GO分析为基因提供了一种标准化的方式来描述其功能特性。你的问题涉及到二级分类中的GO号处理，下面我将逐步解释这个过程。

 

您提到的是在GO二级分类（如 Biological Process、Molecular Function、Cellular Component 下的二级大类）中，统计基因分布数量的问题。这里通常涉及两步：

第一步：为每个基因注释GO terms（GO号），一个基因往往对应多个GO号。

第二步：将GO号映射到其对应的二级分类条目，统计每个分类中有多少个基因。

 

一、是否需要去重？——区分两种情况

 



 

简要总结：

每个基因保留所有GO号；

在统计到每个二级分类时，要按基因去重，避免同一基因在同分类下被重复计数。

 

二、标准统计流程

1、对所有基因完成GO注释，得到基因–GO号列表；

2、将所有GO号映射到GO官方定义的二级分类；

3、每个二级分类中，按基因去重计数；即一个基因若属于同一分类下多个GO号，只计一次；

4、生成最终的二级分类–基因数目统计表。

 

三、注意常见错误

不能直接对GO号去重：因为GO是多对多的，一个基因–多个GO；一个GO–多个分类。

不能每个GO号单独计数再简单相加：这样会使基因数膨胀，导致统计失真。

 

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